<div dir="ltr"><span dir="ltr">-</span><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
 &nbsp; <br>
&gt; Hi Users,<br>
&gt; &nbsp; &nbsp; I have extended the lipid bilayer(popc) from default popc128a.pdb to<br>
&gt; 200 popc molecules with suffcient water by using genbox.<br>
&gt; genbox -cs &nbsp;128a.pdb -o &nbsp;out.gro &nbsp;-p &nbsp;128a.top -box 9.2 9.2 6.9, &nbsp;to the<br>
&gt; out.gro(contain 200 popc) minimisation ran fine later swtich over to *PR<br>
&gt; with fc-1000 on P8,C51,C53 of popc and saw output_pr.gro in VMD &nbsp;water has<br>
&gt; weird strcuture(up side downs but popc structure is quite fine).<br>
&gt; So I have reduced the pbc box size to 9 9 6.7 &nbsp;with *editconf later I ran<br>
&gt; minimsation and *PR, &quot;now water&quot; and POPC structures are &quot;fine&quot; but I<br>
&gt; observed &quot;unequal water&quot;.<br>
</blockquote><div>&nbsp;</div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">What do you mean with &quot;unequal water&quot;?</blockquote><div>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; Thanks for the response unequal water means &#39; when I noticed the intial 200popc.gro use VMD water molecules present bothsides almost same towards corners of the simulation box and centre of the above and below popc heads but after *PR one side of the leaflet bilayer corners have very less water (say 20 water molecules earlier 80 water molecules) looks at corners doesnt have water seems. I hope you understood my problem,<br>
<br>Could you tell me any suggestion<br>Thanks in advance.<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
&gt;<br>
&gt; Could you tell me, did I miss something to use<br>
&gt; Any suggestions would be appreciated<br>
&gt; Thanks in advance<br>
<br></blockquote></div><br></div>