<div dir="ltr"><br>HI <br>I followed the tutorials <br><a href="http://md.chem.rug.nl/education/mdcourse/MDpract.html">http://md.chem.rug.nl/education/mdcourse/MDpract.html</a><br><br>the procedure is<br>1. create the box<br>
<p>Use a standard cubic box and be sure that the protein does not see
its images.
This means that the distance from the the box wall should be greater
than half of the cut-off (1.4 nm) <br></p>

editconf -f minimized.gro -o minimized_box.gro -d 0.75
-bt cubic<br><br><br>2. solvate the protein<br>genbox needs as input the protein in a box (minimized_box.gro) and a
solvent box (spc216.gro) and the topology of the solute (aki.top) and
of the solvent (spc.itp).<br>

<br>

<p class="cmd">genbox -cp minimized_box.gro -cs spc216.gro -o
minimized_water.gro -p aki.top</p><br>Is it the same thing for the TIP4P-Ew water model?<br><br><br>Thank you<br>Lin<br><br><br><br>&gt; Then, I can say my system is under the water model-TIP4P-Ew.<br>
&gt; And, other simulation procedures are all the same for any kind of water<br>
&gt; model.<br>
<br>
What procedures do you mean?<br>
<br></div>