<P>
<BR>
Thanks Justin for your great help, tpbconv is working fine<BR>
Thanks once again...... <BR>
<BR>
&gt; &gt; it displays like this<BR>
&gt; &gt; Will write xtc: Compressed trajectory (portable xdr format)<BR>
&gt; &gt; trn version: GMX_trn_file (single precision)<BR>
&gt; &gt; Reading frame&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0 time 1000.000<BR>
&gt; &gt; Setting output precision to 0.001 (nm)<BR>
&gt; &gt; Reading frame&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 time 1000.200&nbsp; &nbsp; -&gt;&nbsp; frame&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1 time 1000.200<BR>
&gt; &gt; Reading frame&nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 time 1000.400&nbsp; &nbsp; -&gt;&nbsp; frame&nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 time 1000.400<BR>
&gt; &gt; Reading frame&nbsp; &nbsp; &nbsp; 3 time 1000.600&nbsp; &nbsp; -&gt;&nbsp; frame&nbsp; &nbsp; &nbsp; 3 time 1000.600<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &nbsp;  -&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &nbsp;  -&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &nbsp;  -&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &nbsp;  -&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -<BR>
&gt; &gt; Reading frame&nbsp; &nbsp; 2000 time 1400.000&nbsp; &nbsp; -&gt;&nbsp; frame&nbsp; 2000 time 1400.000<BR>
&gt; &gt; Reading frame&nbsp; &nbsp; 3000 time 1600.000&nbsp; &nbsp; -&gt;&nbsp; frame&nbsp; 3000 time 1600.000<BR>
&gt; &gt; Reading frame&nbsp; &nbsp; 4000 time 1800.000&nbsp; &nbsp; -&gt;&nbsp; frame&nbsp; 4000 time 1800.000<BR>
&gt; &gt; Reading frame&nbsp; &nbsp; 5000 time 2000.000&nbsp; &nbsp; -&gt;&nbsp; frame&nbsp; 5000 time 2000.000<BR>
&gt; &gt; Reading frame&nbsp; &nbsp; 6000 time 2200.000&nbsp; &nbsp; -&gt;&nbsp; frame&nbsp; 6000 time 2200.000<BR>
&gt; &gt; -&gt;&nbsp; frame&nbsp; 6170 time 2234.000<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; gcq#85: &quot;All Beauty Must Die&quot; (Nick Cave)<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; Any suggestions would be appreciated<BR>
&gt;<BR>
&gt;There's no need to use trjconv; check the contents of both the .trr and .edr<BR>
&gt;file with gmxcheck.&nbsp; It will output which frames are incomplete, so just choose<BR>
&gt;a frame present in both the .trr and .edr that is complete.&nbsp; Then you can use<BR>
&gt;tpbconv -time with that timepoint.<BR>
&gt;<BR>
&gt;-Justin<BR>
&gt;<BR>
&gt; &gt; Thanks in advance.<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; On Sat, 27 Sep 2008 Justin A.Lemkul wrote :<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;minnale wrote:<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; Hi all<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;My system was crashed inbetween simulation, so restarted the run by<BR>
&gt; &gt; using tpbconv command<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;tpbconv -f popc.trr -e popc.edr -s popc.tpr -o popc_restart -time<BR>
&gt; &gt; 2235.2 -until 3000 it showing<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;Last frame read 6173&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; WARNING: Incomplete<BR>
&gt; &gt; frame: nr&nbsp; 6174 time 2234.600<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;-------------------------------------------------------<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;Program tpbconv, VERSION 3.3.1<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;Source code file: enxio.c, line: 401<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;Fatal error:<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;Could not find frame with time 2235.200195 in 'popc.edr'<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;-------------------------------------------------------<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;when I view the popc.edr file by using gmxcheck it showing<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;&nbsp; Opened 3nspop128new.edr as single precision energy file<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;frame: 500000 (index&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0), t:&nbsp; 1000.000 Reading frame&nbsp; 6000 time<BR>
&gt; &gt; 2200.000&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Last frame read 6173&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; WARNING:<BR>
&gt; &gt; Incomplete frame: nr&nbsp; 6174 time 2234.600<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;Found 6173 frames with a timestep of 0.2 ps.<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;its may be due in md.mdp file I am using velocites = no (I am<BR>
&gt; &gt; doubting because read doing restarts webpage and tpbconv -h command I<BR>
&gt; &gt; understood&nbsp; &quot;Note that a frame with coordinates and velocities is<BR>
&gt; &gt; needed, which means that when you never write velocities, you can not<BR>
&gt; &gt; use tpbconv and you have to start the run again from the beginning&quot;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;Use tpbconv -time and specify a frame that actually exists.<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;Note that gen_vel = no is completely separate from nstvout = 0.&nbsp; If<BR>
&gt; &gt; you use gen_vel = no, it implies that the simulation is continuing from<BR>
&gt; &gt; a previous run.&nbsp; If you use nstvout = 0, you are never saving<BR>
&gt; &gt; velocities, and thus tpbconv will not work.<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;-Justin<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;Could give me some suggestion how can I restart the crashed simulation?<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;Thanks alot for any suggestion.<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;Rediff Shopping<BR>
&gt; &gt; &lt;http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-default.htm/1050715198@Middle5/2206641_2199021/2201651/1?PARTNER=3&amp;OAS_QUERY=null&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;------------------------------------------------------------------------<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;_______________________________________________<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<BR>
&gt; &gt; posting!<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www<BR>
&gt; &gt; interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;&gt;Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;-- ========================================<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;Justin A. Lemkul<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;Graduate Research Assistant<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;Department of Biochemistry<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;Virginia Tech<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;Blacksburg, VA<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;<BR>
&gt; &gt;&nbsp; &gt;========================================<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; Rediff Shopping<BR>
&gt; &gt; &lt;http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-default.htm/1050715198@Middle5/2206641_2199021/2201651/1?PARTNER=3&amp;OAS_QUERY=null&gt;<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<BR>
&gt; &gt;<BR>
&gt; &gt; _______________________________________________<BR>
&gt; &gt; gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>
&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>
&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>
&gt;<BR>
&gt;--<BR>
&gt;========================================<BR>
&gt;<BR>
&gt;Justin A. Lemkul<BR>
&gt;Graduate Research Assistant<BR>
&gt;Department of Biochemistry<BR>
&gt;Virginia Tech<BR>
&gt;Blacksburg, VA<BR>
&gt;jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR>
&gt;http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<BR>
&gt;<BR>
&gt;========================================<BR>
&gt;<BR>
&gt;<BR>
&gt;------------------------------<BR>
&gt;<BR>
&gt;_______________________________________________<BR>
&gt;gmx-users mailing list<BR>
&gt;gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt;Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>
&gt;<BR>
&gt;End of gmx-users Digest, Vol 53, Issue 135<BR>
&gt;******************************************<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-default.htm/1050715198@Middle5/2206641_2199021/2201651/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2206641_2199021/creative_2201651.gif'  alt='Rediff Shopping'  border=0></a></td></TR></Table>