<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi, all.<br><br>I am analyzing the hydrogen bond lifetime of water molecules around polar atoms of my molecule. However, I have faced different HB lifetime definitions in different sources. A sample of what I obtained employing g_hbond is below:<br><br>"g_hbond -f .xtc -s .tpr -n .ndx -ac .xvg -b 0 -e 10000"<br><br>Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Rate (1/ps)&nbsp; Time (ps)&nbsp; DG (kJ/mol)<br>Forward&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.797&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.254&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.089<br>Backward&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.061&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.475&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11.474<br>One-way&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.323&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.756&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.835<br>Integral&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.948&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.055&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.661<br>Relaxation&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.195&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.456&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.579<br><br># In GROMACS 3.3 manual, page 171, it is said that "the integral of C(t) gives a rough estimate of the average H-bond lifetime", which points to a HB lifetime of 1.055 ps (right?);<br># On the other hand, in previous discussion in this list, I have found that "according to Luzar the time corresponding to the forward rate constant should be regarded as 'the' hbond lifetime", which points to a HB lifetime of 0.797;<br><br>Can anyone please clarify such points?<br><br>Thanks in advance,<br>Laércio Pol-Fachin<br></td></tr></table><br>


      <hr size=1>Novos endereços, o Yahoo! que você conhece. <a href="http://br.rd.yahoo.com/mail/taglines/mail/*http://br.new.mail.yahoo.com/addresses">Crie um email novo</a> com a sua cara @ymail.com ou @rocketmail.com.