<div dir="ltr">Just addin my drop here:<br><br>Just did the same, both single and double precision, not parallel anyway.<br><br>What I get is the following:<br><br><b>aurora down/gmxtest 41%</b> ./gmxtest.pl all<br>All 16 simple tests PASSED<br>
FAILED. Check files in dec+water<br>1 out of 14 complex tests FAILED<br>All 63 kernel tests PASSED<br>All 45 pdb2gmx tests PASSED<br>User:54.947s&nbsp; Sys:13.548s&nbsp; Elap:1:18.66&nbsp; CPU util:87.0%&nbsp; Memory:0k<br><b>aurora down/gmxtest 42%</b> ./gmxtest.pl -double all<br>
All 16 simple tests PASSED<br>All 14 complex tests PASSED<br>All 63 kernel tests PASSED<br>All 45 pdb2gmx tests PASSED<br>User:62.427s&nbsp; Sys:15.112s&nbsp; Elap:1:25.65&nbsp; CPU util:90.5%&nbsp; Memory:0k<br><b>aurora down/gmxtest 43%</b> gcc -v<br>
Using built-in specs.<br>Target: x86_64-suse-linux<b><br>.<br>.<br>.</b><br>gcc version<b> 4.3.1 20080507</b> (prerelease) [gcc-4_3-branch revision 135036] (SUSE Linux)<br><b>.<br>.<br>.</b><br><b>aurora down/gmxtest 55%</b> more ./complex/dec+water/checkpot.out<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br><b>.<br>.<br>.</b><br>There are 5 terms to compare in the energy files<br><br>LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; step&nbsp; 34:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.21167,&nbsp; step&nbsp; 34:&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.230957<br><br>Files read succesfully<br>
<br>Again, it looks like the same &quot;error&quot; that appears in the wiki... except that the wiki mentions two error lines in there <font size="2">instead of one. Also, the wiki mentions the line differently:<br><br></font><pre>
<font size="2">LJ (SR)          step  34:     -0.176025,  step  34:     -0.21167</font><br></pre>Which, on its turn, seems quite odd. I thought the first number was the standard one, has it changed between 3.3.2 and 3.3.3 gmxtest&#39; beds? And can it be that the original problems with gcc4 has vanished with the newer versions of it?<br>
<br>Thanks a lot, and hope it also helps.<br><br>Jones<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 7, 2008 at 6:31 AM, David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="Ih2E3d"><a href="mailto:chris.neale@utoronto.ca" target="_blank">chris.neale@utoronto.ca</a> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hello,<br>
<br>
I am trying to track down the exact nature of the gcc-4.1.x / gromacs bug. I have a system on which we were forced to reinstall gromacs (3.3.1 and 3.3.3) about 2 weeks ago and I didn&#39;t realize that the default gcc was bumped to <a href="http://4.1.2." target="_blank">4.1.2.</a><br>

<br>
I am interested because ideally we won&#39;t need to throw out the last two weeks of simulation.<br>
<br>
The installation went fine and I have just run the tests in serial single precision, which all passed (except dec+water, although that was as indicated to be actually ok on the wiki... LJ (SR) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;step &nbsp;34: &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.21167, &nbsp;step &nbsp;34: &nbsp; &nbsp;-0.147217)<br>

<br>
</blockquote></div>
That sounds good, but I&#39;m not sure if it is enough.<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
I searched the archives, but a simple search for gcc is overwhelming and I couldn&#39;t find anything specific. I did find some references to the bugzilla (without links), but even when I search for gcc on bugzilla I get Zarro Boogs found.<br>

</blockquote></div>
Did you select &quot;Closed bugs&quot; as well?<br>
<br>
It would indeed be great if we could do more exhaustive tests at compile time...<div class="Ih2E3d"><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
Thanks,<br>
Chris.<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br>
<br></div>
-- <br>
David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
Molec. Biophys. group, Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone: &nbsp;+46184714205. Fax: +4618511755.<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank">spoel@gromacs.org</a> &nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><div class="Ih2E3d">
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br></div>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<div><div></div><div class="Wj3C7c">
<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>