<div dir="ltr">Hello,<br>I have ran a simulation with gromac but can&#39;t seem to be able to extract a single structure of a determined frame from my .trr file. I wish to obtain a pdb file good for reading in CHIMERA, for example.<br>
I tryed the following command:<br>trjconv -f sim.trr -s trjtop.tpr -o pdbiwant.pdb -b 10000 -e 10000.<br>Some programs, spdbv, for example, completely mess up my structure, making bonds where it shouldn&#39;t etc etc. CHIMERA simply cannot find any coordinates in the file. But the .pdb generated from trjconv looks ok. I mean , there are coordinates and all.<br>
Any suggestions?<br>Thank you in advance<br>Fabrício Bracht<br></div>