<div dir="ltr"><p>Hi,<br>&nbsp;<br>I am a beginner of Gromacs <a href="http://3.3.3.">3.3.3.</a> </p>
<p>I have done position restrined grompp with -f pr.mdp, -r .gro (water box having charge -2e), -c .gro and -p .top (produced by genbox). The output is a .tpr file.<br>Then to neutralize the solution with Na+ ion I used genion by -s .tpr -o .gro - pname NA+ -np 2 -g .log.<br>
Then in the .top file in [molecule] portion I have changed #mol of SOL by reducing it by 2 and added NA+ of 2 mol to match the coordinate with .gro. And also deleted the .tpr file. Upto this step everything was OK. <br>In next step again position restrained grompp was done using .gro file containing 2 Na+ ions. But which showed a Fatal error --</p>

<p>Fatal error:<br>2 atoms are not part of any of the T-coupling groups.</p>
<p>So .tpr file is not generated. I am not understanding what to do now..... Please help as early as possible. <br>&nbsp;<br>Thanking you,<br>&nbsp;<br>CHITRITA DUTTA ROY.</p></div>