<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi Chitrita,&nbsp; </blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
may be you haven&#39;t generated index file for the solvent and newly added ions<br></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
use make_ndx file</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>all the best</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
  Sudheer.<br>
<br>
I am a beginner of Gromacs <a href="http://3.3.3." target="_blank">3.3.3.</a><br>
<br>
I have done position restrined grompp with -f pr.mdp, -r .gro (water box<br>
having charge -2e), -c .gro and -p .top (produced by genbox). The output is<br>
a .tpr file.<br>
Then to neutralize the solution with Na+ ion I used genion by -s .tpr -o<br>
.gro - pname NA+ -np 2 -g .log.<br>
Then in the .top file in [molecule] portion I have changed #mol of SOL by<br>
reducing it by 2 and added NA+ of 2 mol to match the coordinate with .gro.<br>
And also deleted the .tpr file. Upto this step everything was OK.<br>
In next step again position restrained grompp was done using .gro file<br>
containing 2 Na+ ions. But which showed a Fatal error --<br>
<br>
Fatal error:<br>
2 atoms are not part of any of the T-coupling groups.<br>
<br>
So .tpr file is not generated. I am not understanding what to do now.....<br>
Please help as early as possible.<br>
<br>
Thanking you,<br>
<br></blockquote></div><br></div>