<div dir="ltr">hi all,<br><br>I was trying to analyze some h_bond interaction for a protein with one ligand. I tried two runs for the same one for 5 nsec and another for 10 nsec.<br>What I found here is that, the h-bonds present in the 5 nsec trajectory are more than that in 10 nsec trajectory, h-bonds in 10 nsec run should be at least equal to that in 5 nsec run. <br>
<br>for the two trajectory i have taken out the 10 frames. are the interaction picked up by g_hbond are dependent on the full trajectory or the frames only.<br>whether the two different run on the same input file with same parameter can be related or compared ?<br>
<br>Can anybody help me in the same case by giving some explanation or giving right way to do it ?<br><br><br>With Thanks,<br>VIVEk<br></div>