<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>hello gmx users</DIV>
<DIV>I am a new fellow in gromacs</DIV>
<DIV>My structure contains 56 residues belonging to&nbsp;parallel helices separated by about 2 nm.</DIV>
<DIV>I used editconf as:</DIV>
<DIV>editconf----- -bt dodecahedron -c</DIV>
<DIV>and </DIV>
<DIV>editconf---- -bt&nbsp;dodecahedron -d 6.5 -c </DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>where 6.5nm I used as separation of unit cells</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Now when I solvated using&nbsp;spc216. In&nbsp;the first case, the number of solvent molecules was more than 117000 and in the second case it was 704. Moreover, in both the cases large number of atoms lied outside the box.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Can you tell me how to know the&nbsp;appropriate size of box for a protein structure like mine</DIV>
<DIV>Thanks in advance</DIV>
<DIV>Neal&nbsp;</DIV></td></tr></table><br>