<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
FONT-SIZE: 10pt;
FONT-FAMILY:Tahoma
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'><div style="text-align: left;">Hi,<br><br>Today I realized that I introduced a bug in the checkpoint writing just before the RC1 release.<br>Checkpointing are only written when the step is coincidentally an energy output step<br></div>(or correctly when the -nosum option is used).<br>I have fixed it in CVS, so it will be fixed in the next release.<br><br>Berk<br><br><br><hr id="EC_stopSpelling">From: martin.hoefling@gmx.de<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Date: Tue, 7 Oct 2008 15:11:04 +0200<br>Subject: [gmx-users] Checkpointing: Status in current CVS version?<br><br>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=unicode">
<meta name="Generator" content="Microsoft SafeHTML"><style>
.ExternalClass p, .ExternalClass li
{white-space:pre-wrap;}
</style>
<p style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; text-indent: 0px;">Hello all,</p>
<p style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; text-indent: 0px;"></p>
<p style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; text-indent: 0px;">I tried to use checkpointing with the following command:</p>
<p style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; text-indent: 0px;"></p>
<p style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; text-indent: 0px;">mdrun -v -cpi status.cpt -o status.cpt -cpt 1</p>
<p style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; text-indent: 0px;"></p>
<p style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; text-indent: 0px;">...but no checkpoints are written after 1 minute in current (this morning) cvs version. Am I using it wrong? Do .mdp options such as output frequencies influence the checkpoint writing?</p>
<p style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; text-indent: 0px;"></p>
<p style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; text-indent: 0px;">Best wishes</p>
<p style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; text-indent: 0px;">        Martin</p><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>