<div dir="ltr">Maybe I didn&#39;t put it clearly. My intention is to simulate a protein confined in a box, and the problem is that I don&#39;t know how to define a boundary, or a wall, in GROMACS.<br><br>
<div class="gmail_quote">2008/10/10 Omer Markovitch <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:omermar@gmail.com">omermar@gmail.com</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div dir="ltr">Boundary should not &quot;precisely&quot; be around the protein, otherwise some parts of the protein would &quot;feel&quot; other parts via the boundary.<br>In general, if you apply periodic boundary conditions (PBC), take the dimensions as such so the protein would NOT feel the PBC.<br>
<br>Say you have an unfolded protein (or a MD during which a protein unfolds) whose length is about 20 Angstroms, and you use no explicit solvent. You might not want to take the dimension of the box to be smaller they, say, 40 Angstroms.<br>
Its just an example.<br><br>Omer.<br clear="all">&nbsp;<br>Koby Levy research group,<br>Weizmann Institute of Science. <br><a href="http://www.weizmann.ac.il/sb/faculty_pages/Levy/" target="_blank">http://www.weizmann.ac.il/sb/faculty_pages/Levy/</a> 
<div class="Ih2E3d"><br><br><br>
<div class="gmail_quote">On Fri, Oct 10, 2008 at 11:03, Lee Soin <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:nomadoro@gmail.com" target="_blank">nomadoro@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; BORDER-LEFT: rgb(204,204,204) 1px solid">
<div dir="ltr">But the problem is: how to define a boundary?<br></div></blockquote></div><br></div></div><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Sun Li<br>Department of Physics<br>Nanjing University, China<br></div>