<div dir="ltr">Hi There,<br>I am running a long MDS for one protein molecule in water, To avoid error I am running the simulation in parts like 20 nsec each.<br>Each time I am creating a new tpr, trr and edr using the tpbconv and mdrun.<br>
Last time when I fired a job for 60-80 nsec then the job crashed because of some power supply problem. Now I want to continue the job from where it crashed ..<br>while using ..... tpbconv with tpr, trr and edr file it gave me message like<br>
_---------------------------------------<br>trn version: GMX_trn_file (double precision)<br>Read frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4: step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 time 60000.000<br><br>Using frame of step 0 time 60000<br>Opened emprmd_np24.edr as double precision energy file<br>
Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 time 60000.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br><br>READ 3 PRESSURE COUPLING MU&#39;S FROM emprmd_np24.edr<br><br>40000000 steps (80000 ps) remaining from first run.<br>Writing statusfile with starting step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 and length&nbsp;&nbsp; 40000000 steps...<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000 and length&nbsp; 80000.000 ps<br>-------------------------------------------------------------<br><br>above message indicates that it is going to start the run from step 0, which seems waste for me....<br>
Can I continue the job from where it crashed, or is it better to run the 60-80 nsec job again?<br><br><br>With Thanks,<br>Vivek<br></div>