<div dir="ltr"><div><font face="arial,helvetica,sans-serif">I&nbsp;want to perform MD Equilibration run under position restrained for 200ps. <span style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: &#39;Times New Roman&#39;; mso-fareast-font-family: &#39;Times New Roman&#39;; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA"><font size="2">Bond distances were constrained using the LINCS (Linear Constraints) algorithm, the water molecules were restrained using the SETTLE algorithm. In order to do this I have modified nsteps in original pr.mdp file. Following is the modified file contents:</font></span></font></div>

<div><font face="arial,helvetica,sans-serif" size="2"><span style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: &#39;Times New Roman&#39;; mso-fareast-font-family: &#39;Times New Roman&#39;; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA"></span></font>&nbsp;</div>

<div><font face="arial,helvetica,sans-serif" size="2"><span style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: &#39;Times New Roman&#39;; mso-fareast-font-family: &#39;Times New Roman&#39;; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA"></span></font>&nbsp;</div>

<div><font size="2"><span style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: &#39;Times New Roman&#39;; mso-fareast-font-family: &#39;Times New Roman&#39;; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-language: EN-US; mso-bidi-language: AR-SA"><font size="2">
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">;</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">; User spoel (236)</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">; Wed Nov 3 17:12:44 1993</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">; Input file</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">;</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">title = Yo</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">cpp = /usr/bin/cpp</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">define = -DPOSRES</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">constraints = all-bonds</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">integrator = md</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">dt = 0.002 ; ps !</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">nsteps = 100000 ; total 200 ps.</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">nstcomm = 1</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">nstxout = 50</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">nstvout = 1000</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">nstfout = 0</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">nstlog = 10</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">nstenergy = 10</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">nstlist = 10</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">ns_type = grid</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">rlist = 1.0</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">rcoulomb = 1.0</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">rvdw = 1.0</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">; Berendsen temperature coupling is on in two groups</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">Tcoupl = berendsen</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">tc-grps = Protein SOL</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">tau_t = 0.1 0.1</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">ref_t = 300 300</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">; Energy monitoring</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">energygrps = Protein SOL</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">; Pressure coupling is not on</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">Pcoupl = no</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">tau_p = 0.5</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">compressibility = 4.5e-5</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">ref_p = 1.0</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">; Generate velocites is on at 300 K.</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">gen_vel = yes</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">gen_temp = 300.0</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">gen_seed = 173529</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif"></font>&nbsp;</p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">Then I wanted to do grompp with this modified pr.mdp file. But it is showing a Fatal error like,</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">Fatal Error:</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">number of coordinates in coordinate file does not match topology.</font></p>
<p><font face="arial,helvetica,sans-serif">But if I use the original pr.mdp (without modifying it for 200ps) the grompp runs properly. I am not understanding what to do now. Please help me out.</font></p>
<p><font face="Arial">Thanking you, </font></p>
<p><font face="Arial">Chitrita.</font></p></font></span></font></div></div>