<div dir="ltr"><pre>Oh...Similar type of problem once I have got, so got reply from some one in archives that if use comm_grps= protein , protein will not come out of the water box.So thats why I have suggested, If I say wrong answer regret for that<br>
<br>&gt;<i>  Hi,<br></i>&gt;<i>  Ravi<br></i>&gt;<i>  Use comm_grps = protein in your .mdp file.<br></i>&gt;<i> <br></i>&gt;<i> <br></i>&gt;<i>       3. protein coming out of the box (ravi sharma)<br></i>&gt;<i>      <br>
</i><br>No!<br><br>You will ruin energy conservation...<br><br>&gt;<i> <br></i>&gt;<i>     Hello everyone<br></i>&gt;<i> <br></i>&gt;<i>     my protein coming out of the box in final md how can i fix my<br></i>&gt;<i>     protein in the middle of the box. can you help me out??<br>
</i>&gt;<i> </i></pre></div>