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<body class='hmmessage'><div style="text-align: left;">Hi,<br><br>I don't really know what could be the problem here.<br><br>0..180 is (confusingly) not including the end, so 180 is out of range.<br><br>The only thing I can think of (except for unknown bugs of coarse),<br>is that I corrected the coupling time of the Parrinello-Rahman barostat<br>when going from 4.0 RC4 to the official 4.0 release.<br>I guess all your old simulations were with older Gromacs releases.<br>So to get the same coupling as before, so would need to multiply tau_t by 16.6.<br>I don't know if this would help.<br><br>You did not get pressure coupling warnings before the crash?<br><br>Berk<br></div><br><br><hr id="stopSpelling">&gt; Date: Mon, 13 Oct 2008 16:55:20 -0400<br>&gt; From: jalemkul@vt.edu<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] Unexplained crashes with Gromacs-4.0<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; I've gotten the following error with two of my simulation systems.  Usually this <br>&gt; weird "variable ci" error means the system is unstable, and I've seen it before <br>&gt; when I've done a poor job of equilibrating.  But now I'm seeing it a long time <br>&gt; into my simulations (after 48 ns in one case, 60 ns in the other).  If I simply <br>&gt; re-submit the job, it runs fine.  The error shown is as follows:<br>&gt; <br>&gt; -------------------------------------------------------<br>&gt; Program mdrun_4.0_mpi, VERSION 4.0<br>&gt; Source code file: nsgrid.c, line: 357<br>&gt; <br>&gt; Range checking error:<br>&gt; Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid<br>&gt; based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter<br>&gt; errors that give particles very high velocities you might end up with some<br>&gt; coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot<br>&gt; put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.<br>&gt; Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential<br>&gt; energy seems reasonable before trying again.<br>&gt; <br>&gt; Variable ci has value 180. It should have been within [ 0 .. 180 ]<br>&gt; <br>&gt; -------------------------------------------------------<br>&gt; <br>&gt; It seems to me that this "ci" variable is still within the range of 0-&gt;180, if <br>&gt; those values are inclusive.<br>&gt; <br>&gt; My .mdp file is as follows:<br>&gt; <br>&gt; title                = NPT simulation for a membrane protein<br>&gt; ; Run parameters<br>&gt; integrator        = md<br>&gt; dt                = 0.002<br>&gt; nsteps                = 5000000         10000 ps (10 ns)<br>&gt; tinit                = 40000<br>&gt; nstcomm                = 1<br>&gt; ; Output parameters<br>&gt; nstxout                = 50000                 every 100 ps<br>&gt; nstvout                = 50000<br>&gt; nstfout                = 50000<br>&gt; nstlog                = 5000                 every 10 ps<br>&gt; nstenergy        = 5000<br>&gt; nstxtcout        = 5000<br>&gt; ; Bond parameters<br>&gt; constraint_algorithm         = lincs<br>&gt; constraints                = all-bonds<br>&gt; continuation                 = yes<br>&gt; ; Cut-off's and neighborsearching<br>&gt; nstlist                = 5<br>&gt; ns_type                = grid<br>&gt; rlist                = 1.2<br>&gt; rcoulomb        = 1.2<br>&gt; rvdw                = 1.2<br>&gt; ; PME electrostatics parameters<br>&gt; coulombtype        = PME<br>&gt; fourierspacing  = 0.18<br>&gt; ;fourier_nx        = 0<br>&gt; ;fourier_ny         = 0<br>&gt; ;fourier_nz        = 0<br>&gt; pme_order        = 4<br>&gt; ewald_rtol        = 1e-5<br>&gt; optimize_fft        = yes<br>&gt; ; Berendsen temperature coupling is on in three groups<br>&gt; Tcoupl                 = Nose-Hoover<br>&gt; tc_grps                = Protein POPC SOL_NA+_CL-<br>&gt; tau_t                = 0.1 0.1 0.1<br>&gt; ref_t                = 310 310 310<br>&gt; ; Pressure coupling is not on<br>&gt; Pcoupl                = Parrinello-Rahman<br>&gt; pcoupltype        = semiisotropic<br>&gt; tau_p                = 2.0                <br>&gt; compressibility        = 4.5e-5 4.5e-5<br>&gt; ref_p                = 1.0 1.0<br>&gt; ; Generate velocities is off<br>&gt; gen_vel                = no<br>&gt; gen_temp        = 310<br>&gt; gen_seed        = 7041776<br>&gt; ; Periodic boundary conditions are on in all directions<br>&gt; pbc                = xyz<br>&gt; ; Long-range dispersion correction<br>&gt; DispCorr        = EnerPres<br>&gt; <br>&gt; Any ideas what's going on?<br>&gt; <br>&gt; Thanks,<br>&gt; Justin<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Graduate Research Assistant<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
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