<div dir="ltr">Hi,<br>In VMD:<br><br>1. Load the *.gro file<br>2. Load the *.trr file<br><br>See the Amber basic workshop - tutorial 2 for more ideas:<br><br><a href="http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial2/">http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial2/</a><br>
<br>regards,<br>Carlos<br><br><br><br><br><br><div class="gmail_quote">2008/10/14 vivek sharma <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:viveksharma.iitb@gmail.com">viveksharma.iitb@gmail.com</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div dir="ltr">Hi There,<br><br>I have few MD trajectory, I want to analyze them visually (other than ngmx option as it gives very few option).<br>I tried for opening those trajectories in vmd and pymol but not able to view them. It shows me the trajectory loaded, but not viewing anything.<br>

Is there any check to be doen for viewing trajectory in these visualization tools ?<br><br>Or is it because of the size of the trajectory as I am having trajectories of around 10 nsec.<br><br>Please suggest.<br><br>With Thanks,<br>

Vivek<br></div>
<br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br></div>