<P>
&nbsp; <BR>
Hi users, <BR>
&nbsp;  I have run two systems of protein simulation for 7ns, the difference between these systems change in the few resdues. After that I have done&nbsp; RMSD analysis.<BR>
When I superimposed these two 7ns protein simulation systems with crystal structure seperately,I noticed that in one system no change in simulated structure with to the crystal struture say &quot;A&quot; . But in another system lot of changes in simulated structure compare to the crystal structure say &quot;B&quot;.<BR>
<BR>
1.RMSD:<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  When I plot RMSD<BR>
g_rms -f prot7ns.xtc -s intial.tpr -pbc -o prot_7nsrmsd, similar command for aonther system also but files will be differ.<BR>
<BR>
The A structure has high RMSD values rather than B.<BR>
<BR>
Could you tell me please why its happening? am I done wrong anywhere my simulation? <BR>
<BR>
I think if any structure doesnt undergo much conformational changes it has to show low RMSD values, I am getting quite opposite. am I right?<BR>
<BR>
Thanks in advance.<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  
</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2606998_2599290/2602379/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2606998_2599290/creative_2602379.gif'  alt='Black578x38_banner2.gif'  border=0></a></td></TR></Table>