<div dir="ltr">Hi All,<br><br>I want to use g_lie function of gromacs to calculate the binding free energy og a ligand with the protein. For the same I need to run two MDS, one for ligand only and one for ligand+protein complex (please correct if I am wrong).<br>
What are the checks that I should take care in this case, e.g. Do I need to keep the same box size, or same number of solvation molecule in two cases ?<br>or similar things.<br><br>And also I am unable to run the MDS for ligand only as it gives the error like.<br>
...Residue &#39;D4N&#39; not found in residue topology database.....<br><br>For the ligand+protein complex I followed the drug-enzyme tutorial by J E Kerrigan, and it worked well.<br>How can I run the MDS for ligand only ?................................ If I will take the .itp from the PRODRG and use it as .top and bypass the pdb2gmx step as mentioned in the tutorial, will it work ? (consider the difference in two cases one is ligand only and other is ligand+protein ).<br>
<br>Please suggest...<br><br>With Thanks,<br>Vivek<br></div>