<div dir="ltr">thank you very much.&nbsp; I do it by the trjconv.&nbsp; <br><br>A new small problem.&nbsp; <br>I want get a picture that the protein is in the water box.<br>Now I must get it by two steps.&nbsp; <br>trjconv ....-pbc whole ... <br>
and then<br>trjconv ...-pbc atom -ur compact<br><br>can I do it in one step?<br><br>thinks<br><br>Guanghong<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 15, 2008 at 8:29 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
<br>
G.H. Zuo wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear Gromacs Users<br>
<br>
I download the new gromacs 4.0 and do some tests on protein folding.<br>
It seem that there is a matter on outputting trajectory in this version.<br>
When the protein is at the boundary of the box, the mdrun will output the<br>
protein in some segments. &nbsp;This matter had never found in the preview<br>
versions. &nbsp;And It seem that the program trjconv can&#39;t correct this matter.<br>
Is there someone having ideas about this?<br>
</blockquote>
<br></div></div>
I reported this as well, and it has to do with the new domain decomposition scheme (thanks, Tsjerk).<br>
<br>
<a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2008-October/036920.html" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2008-October/036920.html</a><br>
<br>
And yes, trjconv *does* fix the broken molecules; use trjconv -pbc whole with your .tpr file.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
thanks<br>
<br>
Guanghong<br>
<br>
<br>
------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br></div>