<div dir="ltr">thanks again.&nbsp; <br><br>Guanghong<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 15, 2008 at 9:10 PM, David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="Ih2E3d">Justin A. Lemkul wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
G.H. Zuo wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear Gromacs Users<br>
<br>
I download the new gromacs 4.0 and do some tests on protein folding.<br>
It seem that there is a matter on outputting trajectory in this version.<br>
When the protein is at the boundary of the box, the mdrun will output the<br>
protein in some segments. &nbsp;This matter had never found in the preview<br>
versions. &nbsp;And It seem that the program trjconv can&#39;t correct this matter.<br>
Is there someone having ideas about this?<br>
</blockquote>
<br>
I reported this as well, and it has to do with the new domain decomposition scheme (thanks, Tsjerk).<br>
<br>
<a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2008-October/036920.html" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2008-October/036920.html</a><br>
<br>
And yes, trjconv *does* fix the broken molecules; use trjconv -pbc whole with your .tpr file.<br>
</blockquote>
<br></div>
The officially blessed version is<br>
<br>
trjconv -pbc mol [ -ur compact ]<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
thanks<br>
<br>
Guanghong<br>
<br>
<br>
------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br>
</blockquote>
<br>
<br>
-- <br></div><font color="#888888">
David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
Molec. Biophys. group, Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone: &nbsp;+46184714205. Fax: +4618511755.<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org" target="_blank">spoel@gromacs.org</a> &nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a></font><div>
<div></div><div class="Wj3C7c"><br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>