<div dir="ltr">Hi Justin,<br>Thanks for your reply...<br>and apologies for asking you again.<br><br>If I want to keep a part of my molecule fix, say part out of 12 angstrom radius from the ligand and also want to make avoid energy calculation for the same, (using energy_excl)<br>
Do I need to mention the separate group for that part of molecule, (as I already did to make that part position restrained), and next how I will mention those part in .mdp file...<br>Is it like...<br>energy_excl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; groupname protein/solvent &nbsp; (if I want to avoid energy calculation between the group and protein/solvent)<br>
or something else need to be done than that (like during genpr option).<br><br>Please explain....As I have no idea to play with such option...<br><br>My apologies again, if these small question irritates you.......<br><br>
With Thanks,<br>Vivek <br><br><div class="gmail_quote">2008/10/15 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
vivek sharma wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
Dear Justin,<br>
Thanks for your reply..<br>
But I am not getting how and where should I give the option of energy_excl. For freezing a part of molecule ?<br>
</blockquote>
<br></div>
In the .mdp file.<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
what are the other checks to be done for the same ?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
I don&#39;t know what you&#39;re asking.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
With Thanks,<br>
Vivek<div class="Ih2E3d"><br>
2008/10/14 Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;vivek sharma wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2008/10/14 Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a><div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; vivek sharma wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Hi there,<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I tried the mdrun by keeping a group of residue position<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; restrained, and it is working well (verified by comparing<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;RMSD<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; plot for the same), thanks for your suggestions regarding<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;the same.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; But, I have seen that the part of the molecule I kept for<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;PR is<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; still having some motion, how can I keep that part rigid ?<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Position restraints do not necessarily guarantee that atomic<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; positions stay absolutely fixed. &nbsp;Instead, there is an energy<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; penalty for moving them, which could in some cases be overcome.<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I am not getting any idea of energy_excl option mentioned<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;above,<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; please explain.<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; The freezegrps option can be used to fix atomic positions, but in<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; this case large forces can be generated within the frozen<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;group. &nbsp;As<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; such, you can apply energygrp_excl to exclude energetic terms<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;within<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; the frozen group.<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Will it help me in reducing the time taken for the simulation if<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I&#39;ll keep the part of molecule frozen ?<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;I&#39;ve never used freezegrps for any large set of atoms, so maybe. &nbsp;If<br>
 &nbsp; &nbsp;you&#39;ve got surrounding solvent, though, the nonbonded interactions<br>
 &nbsp; &nbsp;are still calculated between the frozen group and solvent, unless<br>
 &nbsp; &nbsp;you turn that off too. &nbsp;But then it starts getting really<br>
 &nbsp; &nbsp;unphysical, in my view.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;-Justin<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Thanks,<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;~Vivek<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -Justin<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; With Thanks,<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Vivek<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2008/10/12 Erik Lindahl &lt;<a href="mailto:lindahl@cbr.su.se" target="_blank">lindahl@cbr.su.se</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:lindahl@cbr.su.se" target="_blank">lindahl@cbr.su.se</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:lindahl@cbr.su.se" target="_blank">lindahl@cbr.su.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:lindahl@cbr.su.se" target="_blank">lindahl@cbr.su.se</a>&gt;&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:lindahl@cbr.su.se" target="_blank">lindahl@cbr.su.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:lindahl@cbr.su.se" target="_blank">lindahl@cbr.su.se</a>&gt;<br>
<br></div></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:lindahl@cbr.su.se" target="_blank">lindahl@cbr.su.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:lindahl@cbr.su.se" target="_blank">lindahl@cbr.su.se</a>&gt;&gt;&gt;&gt;<div><div></div><div class="Wj3C7c">
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Hi,<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;On Oct 10, 2008, at 12:46 PM, Justin A. Lemkul wrote:<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I want to run MD over a part of my molecule ,<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;for few<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;residues only (not the whole molecule).<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Can I do it using GROMACS ?<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I searched for the online documentation and<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;mailing list,<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;but unable to get appropriate information.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;If somebody has already tried such things<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;earlier, please<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;suggest and direct me for appropriate link and<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;address.<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Well, if your goal is to keep certain parts fixed<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;and allow<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;others to move, probably the easiest way to do it<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;is to apply<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;position restraints to the &quot;fixed&quot; part.<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;You can also set parts of the system as a freeze<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;group, in which<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;case you can exclude all nonbonded interactions inside<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;the freeze<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;group with the energygrp_excl option in your mdp file.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;The main advantage of this is of course that you will<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;improve<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;performance if 99% of your system is frozen (although all<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;interactions between the frozen and non-frozen parts still<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; have to<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;be calculated). On the other hand, completely freezing<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;part<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; of the<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;system is not very realistic, and you&#39;re likely to get<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;strange<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;behavior in the interface...<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Cheers,<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Erik<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;_______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;&gt;<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please search the archive at<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;posting!<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Use thewww<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;&gt;.<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; _______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; before posting!<br></div></div><div class="Ih2E3d">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br></div><div class="Ih2E3d">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Can&#39;t post? Read<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br></div><div class="Ih2E3d">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -- &nbsp; &nbsp;========================================<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Justin A. Lemkul<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Graduate Research Assistant<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Department of Biochemistry<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Virginia Tech<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Blacksburg, VA<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540)<div class="Ih2E3d">
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;231-9080<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ========================================<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; _______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br></div><div class="Ih2E3d">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; posting!<br></div><div class="Ih2E3d">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br></div><div class="Ih2E3d">
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br></div><div class="Ih2E3d">
 &nbsp; &nbsp;--  &nbsp; &nbsp;========================================<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Justin A. Lemkul<br>
 &nbsp; &nbsp;Graduate Research Assistant<br>
 &nbsp; &nbsp;Department of Biochemistry<br>
 &nbsp; &nbsp;Virginia Tech<br>
 &nbsp; &nbsp;Blacksburg, VA<br>
 &nbsp; &nbsp;jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;========================================<br>
<br>
<br>
</div></blockquote><div><div></div><div class="Wj3C7c">
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>