<div dir="ltr">Hi justin,<br><br>thanks for your response.....<br>following is the .mdp file pasted..<br><br>_____<br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = trp_drg<br>warnings&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /lib/cpp ; location of cpp on SGI<br>
define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DPOSRES<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002 ; ps !<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2500000 ; total 5000.0 ps.<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 25000 ; output coordinates every 0.5 ps<br>
nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100000 ; output velocities every 2.0 ps<br>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<br>
coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>energygrps_excl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=&nbsp;freeze&nbsp;freeze&nbsp;freeze SOL&nbsp;&nbsp;!&nbsp;To&nbsp;remove computation&nbsp;of&nbsp;interactions&nbsp;between&nbsp;the&nbsp;frozen&nbsp;groups&nbsp;with&nbsp;surroundings&nbsp;(i.e.&nbsp;the&nbsp;solvent,&nbsp;SOL) <br>
fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.12<br>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 6<br>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1e-5<br>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>; Berendsen temperature coupling is on in four groups<br>
Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp; 0.1<br>tc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = protein&nbsp;&nbsp;&nbsp; sol&nbsp;&nbsp; NDP<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300&nbsp;&nbsp; 300<br>; Pressure coupling is on<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<br>
pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.5<br>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.5e-5<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br>; Generate velocites is on at 300 K.<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300.0<br>
gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 173529<br>; Non-equilibrium MD stuff<br>freezegrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = freeze<br>freezedim&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Y Y Y<br>____<br><br>With Thanks,<br>Vivek<br><br><div class="gmail_quote">2008/10/17 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div><br>
<br>
vivek sharma wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Tehre,<br>
i am running a job by keeping a part of molecule freeze ....by using the .mdp option....<br>
</blockquote>
<br></div>
What is your entire .mdp file?<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
______________<br>
</blockquote>
________<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div>
energygrps_excl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;Terminal Terminal Terminal SOL &nbsp;! To remove<br>
computation of nonbonding interactions between the frozen groups with each other <br>
and surroundings (i.e. the solvent, SOL)<br>
freezegrps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;Terminal &nbsp;! Index group to freeze<br>
freezedim &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;Y Y Y &nbsp; &nbsp; ! Freeze this group in all directions, x,<br>
y, and z<br>
___________________________________________________<br>
<br>
<br>
where frreze is a group mentioned in the index file...<br>
During the run the job is being terminated with the following error<br>
.<br>
__________________________________________________________<br>
Step 1 &nbsp;Warning: pressure scaling more than 1%, mu: -3.51079e+22 -3.51079e+22 -3.51079e+22<br>
<br>
-------------------------------------------------------<br>
Program mdrun_d, VERSION 3.3.3<br>
Source code file: ns.c, line: 258<br>
<br>
Fatal error:<br>
Box was shifted at least 10 times. Please see log-file.<br>
-------------------------------------------------------<br>
<br>
Error on node 0, will try to stop all the nodes<br>
Halting parallel program mdrun_d on CPU 0 out of 24<br>
<br>
srun: error: n216: task0: Aborted<br>
srun: Terminating job<br>
__________________________________________________________________<br>
<br>
Can somebody give an insight in the problem for figuring out the probable cause of the error.<br>
<br>
PS::Before the run I mentioned the boxsize in editconf as &quot;-box 7.5 5 6 &quot;, to keep the size of box and number of solvent optimum.<br>
Does it have anything to do with the mentioned error ?<br>
<br>
<br>
Looking for suggestions..<br>
&nbsp;with thanks,<br>
Vivek<br>
<br>
<br></div></div>
------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br></div>