Hi, Justin: <br>I put a residue name ( ALA) there, but pdb2gmx told me that there is a fatal error:<br><br>Atom H4 in residue ALA 1 not found in rtp entry with 6 atoms<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; while sorting atoms. Maybe different protonation state.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Remove this hydrogen or choose a different protonation state.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option -ignh will ignore all hydrogens in the input.<br>If I creat one ( CH4), it said that : <br>Residue &#39;CH4&#39; not found in residue topology database.<br>
<br>my pdb file for methane pair is ( I created from MOE), original residue name is *, now I change to CH4: <br>REMARK&nbsp; 99 MOE v2007.09 (Chemical Computing Group Inc)&nbsp; Mon Oct 20 12:31:39 2008<br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; C&nbsp;&nbsp; CH4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.415&nbsp; -0.007&nbsp;&nbsp; 0.005&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>
HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; H2&nbsp; CH4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.778&nbsp;&nbsp; 0.720&nbsp;&nbsp; 0.731&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; H3&nbsp; CH4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.778&nbsp; -0.999&nbsp;&nbsp; 0.271&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; H4&nbsp; CH4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.778&nbsp;&nbsp; 0.259&nbsp; -0.988&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>
HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; H1&nbsp; CH4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.675&nbsp; -0.007&nbsp;&nbsp; 0.005&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; C&nbsp;&nbsp; CH4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.588&nbsp; -0.007&nbsp;&nbsp; 0.005&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; H1&nbsp; CH4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.678&nbsp; -0.007&nbsp;&nbsp; 0.005&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>
HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; H2&nbsp; CH4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.225&nbsp;&nbsp; 0.720&nbsp;&nbsp; 0.731&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; H3&nbsp; CH4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.225&nbsp; -0.999&nbsp;&nbsp; 0.271&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>HETATM&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; H4&nbsp; CH4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.225&nbsp;&nbsp; 0.259&nbsp; -0.988&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>
CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; 10<br>END<br><br>What kind of residue name I should put there?&nbsp; thanks lot.&nbsp; <br>-Xianghong Qi<br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 22, 2008 at 9:56 AM, xianghong qi <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:xianghong001@gmail.com">xianghong001@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Thanks so much , Justin. I will try.&nbsp; <br><font color="#888888">-Xianghong Qi</font><div><div>
</div><div class="Wj3C7c"><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 22, 2008 at 7:41 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><br>
<br>
xianghong qi wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Thanks, so how to edit &nbsp;a residue name ? I am confused. &nbsp;sorry about such simple question. <br>
</blockquote>
<br></div>
Use a text editor. &nbsp;Be sure to keep the formatting right when doing so:<br>
<br>
<a href="http://www.wwpdb.org/documentation/format32/sect9.html" target="_blank">http://www.wwpdb.org/documentation/format32/sect9.html</a><br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
-Xianghong Qi<div><br>
<br>
On Tue, Oct 21, 2008 at 9:01 PM, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a> &lt;mailto:<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;&gt; wrote:<br>


<br>
 &nbsp; &nbsp;xianghong qi wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Hello, everyone,<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I want to create a pdb file for methane pair . I can make<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;methane pair from MOE and then save to pdb file format without<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;any residue name there.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;The question is that I can&#39;t convert pdb file to .gro file from<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;gromacs without residue name. &nbsp;Anyone has any idea about this<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;question. I appreciate<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;your help.<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;You don&#39;t need a .gro file for itself.. see<br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://wiki.gromacs.org/index.php/Coordinate_File#On_the_need_for_a_.gro_file" target="_blank">http://wiki.gromacs.org/index.php/Coordinate_File#On_the_need_for_a_.gro_file</a><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;You&#39;ll need a residue name to get a topology defined, so edit one in.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Mark<br>
 &nbsp; &nbsp;_______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div><br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
 &nbsp; &nbsp;posting!<br>
 &nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
 &nbsp; &nbsp;interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div><br>
 &nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Some people make the world more special just by being in it.<br>
<br>
<br></div>
------------------------------------------------------------------------<div><br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<div><div></div><div><br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Some people make the world more special just by being in it.<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Some people make the world more special just by being in it.<br>