<P>
&nbsp; <BR>
Dear GROMACS users,<BR>
<BR>
I have got a problem while running a simulated anealing simulations, using GROMACS 3.3.3 version, of pure water:<BR>
<BR>
the task:<BR>
<BR>
I want to cool the system (water- 500 molecules) from 360 K to 0K in 100ps time ( fast cooling). For that I used the following script:<BR>
<BR>
title&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Water annealing simulation<BR>
cpp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = /usr/bin/cpp<BR>
; RUN CONTROL PARAMETERS<BR>
integrator&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = md<BR>
; Start time and timestep in ps<BR>
dt&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0.001; 1fs<BR>
nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 100000&nbsp; ; 1ps<BR>
; For exact run continuation or redoing part of a run<BR>
init_step&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
; number of steps for center of mass motion removal<BR>
nstcomm&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1<BR>
; group(s) for center of mass motion removal<BR>
comm-grps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = SOL<BR>
; OUTPUT CONTROL OPTIONS<BR>
; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)<BR>
nstxout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 10000 ; 10ps<BR>
nstvout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 10000 ; 10ps<BR>
nstfout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
; Checkpointing helps you continue after crashes<BR>
nstcheckpoint&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 100<BR>
; Output frequency for energies to log file and energy file<BR>
nstlog&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0<BR>
nstenergy&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000 ; 1ps<BR>
; Output frequency and precision for xtc file<BR>
;nstxtcout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
;xtc-precision&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1000<BR>
; select multiple groups. By default all atoms will be written.<BR>
; NEIGHBORSEARCHING PARAMETERS<BR>
nstlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 10<BR>
; ns algorithm (simple or grid)<BR>
ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = grid<BR>
; Periodic boundary conditions:<BR>
pbc&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = xyz<BR>
; nblist cut-off<BR>
rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.0<BR>
; OPTIONS FOR ELECTROSTATICS AND VDW<BR>
; Method for doing electrostatics<BR>
coulombtype&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = pme<BR>
rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 1.0<BR>
ewald_rtol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 1.0e-5&nbsp; ; since erfc(sigma*rcutoff)=ewald_rtol<BR>
optimize_fft&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = yes<BR>
; Relative dielectric constant for the medium<BR>
epsilon_r&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1&nbsp; ; for water<BR>
; Method for doing Van der Waals<BR>
vdw-type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = cut-off<BR>
rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 1.0<BR>
; Spacing for the PME/PPPM FFT grid<BR>
fourierspacing&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0.12 ; check for the range 0.1 to 0.15<BR>
; EWALD/PME/PPPM parameters<BR>
pme_order&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 4<BR>
ewald_geometry&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 3d<BR>
epsilon_surface&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0<BR>
; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS<BR>
; OPTIONS FOR WEAK COUPLING ALGORITHMS<BR>
; Temperature coupling<BR>
;Tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = berendsen<BR>
; Groups to couple separately<BR>
;tc-grps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = system<BR>
; Time constant (ps) and reference temperature (K)<BR>
;tau-t&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0.1<BR>
;ref-t&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 360<BR>
; simulated anealing<BR>
annealing&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = single<BR>
annealing_npoints&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 2<BR>
annealing_time&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 0&nbsp;  0<BR>
annealing_temp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 360 0<BR>
; GENERATE VELOCITIES FOR STARTUP RUN<BR>
gen_vel&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = yes<BR>
gen-temp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 360<BR>
gen-seed&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = 173529<BR>
; OPTIONS FOR BONDS<BR>
constraints&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = all-bonds<BR>
constraint_algorithm&nbsp; &nbsp;  = shake<BR>
shake_tol&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.0001<BR>
morse&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = no<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -----------------------------------------------------------------------<BR>
<BR>
Problem:<BR>
<BR>
Having done the simulations, the output shows ( ener.edr , Temperature)&nbsp; a high temperature value around 850K. Clearly I did something wrong in my parameter file. <BR>
<BR>
-------------------------------------------------------<BR>
the temperature extracted after the simulations<BR>
-------------------------------------------------------<BR>
s0 legend &quot;Temperature&quot;<BR>
&nbsp; &nbsp; 0.000000&nbsp; 376.058044<BR>
&nbsp; &nbsp; 1.000000&nbsp; 864.033020<BR>
&nbsp; &nbsp; 2.000000&nbsp; 873.607605<BR>
&nbsp; &nbsp; 3.000000&nbsp; 851.308838<BR>
&nbsp; &nbsp; 4.000000&nbsp; 847.223877<BR>
&nbsp; &nbsp; 5.000000&nbsp; 860.511841<BR>
&nbsp; &nbsp; 6.000000&nbsp; 813.547241<BR>
&nbsp; &nbsp; 7.000000&nbsp; 845.261658<BR>
&nbsp; &nbsp; 8.000000&nbsp; 872.090027<BR>
&nbsp; &nbsp; 9.000000&nbsp; 852.079468<BR>
&nbsp;  10.000000&nbsp; 849.152466<BR>
&nbsp;  11.000001&nbsp; 850.055237<BR>
&nbsp;  12.000001&nbsp; 834.468323<BR>
&nbsp;  13.000001&nbsp; 861.107300<BR>
&nbsp;  14.000001&nbsp; 828.380493<BR>
&nbsp;  15.000001&nbsp; 850.166809<BR>
&nbsp;  16.000000&nbsp; 850.382019<BR>
&nbsp;  17.000000&nbsp; 847.214478<BR>
&nbsp;  18.000000&nbsp; 851.201538<BR>
&nbsp;  19.000000&nbsp; 857.533691<BR>
&nbsp;  20.000000&nbsp; 849.760071<BR>
&nbsp;  21.000002&nbsp; 864.907715<BR>
&nbsp;  22.000002&nbsp; 837.307495<BR>
&nbsp;  23.000002&nbsp; 827.407593<BR>
&nbsp;  24.000002&nbsp; 841.464111<BR>
&nbsp;  25.000002&nbsp; 863.330688<BR>
&nbsp;  26.000002&nbsp; 841.096069<BR>
&nbsp;  27.000002&nbsp; 856.469910<BR>
&nbsp;  28.000002&nbsp; 854.449768<BR>
&nbsp;  29.000002&nbsp; 845.534973<BR>
&nbsp;  30.000002&nbsp; 853.421448<BR>
&nbsp;  31.000002&nbsp; 825.198059<BR>
&nbsp;  32.000000&nbsp; 857.317566<BR>
&nbsp;  33.000000&nbsp; 823.510925<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 34.000000&nbsp; 858.875122<BR>
&nbsp;  35.000000&nbsp; 880.710266<BR>
&nbsp;  36.000000&nbsp; 853.692749<BR>
&nbsp;  37.000000&nbsp; 847.079468<BR>
&nbsp;  38.000000&nbsp; 851.004822<BR>
&nbsp;  39.000000&nbsp; 858.750000<BR>
&nbsp;  40.000000&nbsp; 872.787048<BR>
&nbsp;  41.000004&nbsp; 843.033813<BR>
&nbsp;  42.000004&nbsp; 874.984009<BR>
&nbsp;  43.000004&nbsp; 845.272583<BR>
&nbsp;  44.000004&nbsp; 822.993713<BR>
&nbsp;  45.000004&nbsp; 863.116455<BR>
&nbsp;  46.000004&nbsp; 865.640198<BR>
&nbsp;  47.000004&nbsp; 873.489563<BR>
&nbsp;  48.000004&nbsp; 849.170776<BR>
&nbsp;  49.000004&nbsp; 861.631958<BR>
&nbsp;  50.000004&nbsp; 860.999939<BR>
&nbsp;  51.000004&nbsp; 834.341003<BR>
&nbsp;  52.000004&nbsp; 864.601196<BR>
&nbsp;  53.000004&nbsp; 838.268372<BR>
&nbsp;  54.000004&nbsp; 842.860046<BR>
&nbsp;  55.000004&nbsp; 837.590332<BR>
&nbsp;  56.000004&nbsp; 855.985046<BR>
&nbsp;  57.000004&nbsp; 836.168030<BR>
&nbsp;  58.000004&nbsp; 862.147644<BR>
&nbsp;  59.000004&nbsp; 869.183044<BR>
&nbsp;  60.000004&nbsp; 873.057556<BR>
&nbsp;  61.000004&nbsp; 871.051636<BR>
&nbsp;  62.000004&nbsp; 857.647217<BR>
&nbsp;  63.000004&nbsp; 857.834106<BR>
&nbsp;  64.000000&nbsp; 871.380981<BR>
&nbsp;  65.000000&nbsp; 850.045654<BR>
&nbsp;  66.000000&nbsp; 880.142456<BR>
&nbsp;  67.000000&nbsp; 844.183350<BR>
&nbsp;  68.000000&nbsp; 850.980042<BR>
&nbsp;  69.000000&nbsp; 854.431091<BR>
&nbsp;  70.000000&nbsp; 847.898743<BR>
&nbsp;  71.000000&nbsp; 859.750488<BR>
&nbsp;  72.000000&nbsp; 852.219910<BR>
&nbsp;  73.000000&nbsp; 854.833984<BR>
&nbsp;  74.000000&nbsp; 851.676514<BR>
&nbsp;  75.000000&nbsp; 866.519287<BR>
&nbsp;  76.000000&nbsp; 861.120605<BR>
&nbsp;  77.000000&nbsp; 857.873230<BR>
&nbsp;  78.000000&nbsp; 845.287720<BR>
&nbsp;  79.000000&nbsp; 874.603333<BR>
&nbsp;  80.000000&nbsp; 854.244751<BR>
&nbsp;  81.000008&nbsp; 864.049561<BR>
&nbsp;  82.000008&nbsp; 892.515991<BR>
&nbsp;  83.000008&nbsp; 855.164734<BR>
&nbsp;  84.000008&nbsp; 867.054077<BR>
&nbsp;  85.000008&nbsp; 862.560059<BR>
&nbsp;  86.000008&nbsp; 829.368469<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  87.000008&nbsp; 864.729553<BR>
&nbsp;  88.000008&nbsp; 882.954102<BR>
&nbsp;  89.000008&nbsp; 865.048401<BR>
&nbsp;  90.000008&nbsp; 864.581848<BR>
&nbsp;  91.000008&nbsp; 870.596619<BR>
&nbsp;  92.000008&nbsp; 856.474976<BR>
&nbsp;  93.000008&nbsp; 861.473450<BR>
&nbsp;  94.000008&nbsp; 838.902344<BR>
&nbsp;  95.000008&nbsp; 896.907715<BR>
&nbsp;  96.000008&nbsp; 865.042480<BR>
&nbsp;  97.000008&nbsp; 877.761292<BR>
&nbsp;  98.000008&nbsp; 877.356750<BR>
&nbsp;  99.000008&nbsp; 855.421753<BR>
&nbsp; 100.000008&nbsp; 863.720398<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ------------------------------------------------------<BR>
<BR>
Could anyone tell me what changes I should make in the parameter file?<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
Many thanks,<BR>
Jes.<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  <BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-home.htm/1050715198@Middle5/2657071_2649297/2652569/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2657071_2649297/creative_2652569.gif'  alt='ICL'  border=0></a></td></TR></Table>