Hi, Justin: <br>I am reading chapter 5 now. Still feel confused. I wrote methane.top file like this: <br><br>; Methane topology file<br>;<br>; The force field files to be included<br>#include &quot;ffoplsaa.itp&quot;<br><br>
[ moleculetype ]<br>; Name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>&nbsp;METH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br><br>[ atoms ]<br>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp; typeB&nbsp;&nbsp;&nbsp; chargeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; massB<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; opls_138&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; METH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.61<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; METH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.67<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; METH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.67<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; METH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.73<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; METH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.79<br><br>[ bonds ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br><br>; Include Position restraint file<br>#ifdef POSRES<br>#include &quot;posre.itp&quot;<br>#endif<br><br>; Include water topology<br>#include &quot;spc.itp&quot;<br><br>[ system ]<br>
; Name<br>Methane<br><br>[ molecules ]<br>; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<br>METH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>; ;;;;;;;<br><br>Then I should go to ffoplsaa.rtp file to add a new molecule like : <br><br>[METH]<br>&nbsp;[ atoms ]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_135&nbsp;&nbsp; -0.240&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp; HC1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp; HC2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp; HC3&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp; HC4&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.60&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;[ bonds ]<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; HC1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; HC2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; HC3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp; HC4<br>
;;;;;;;<br><br>Is that reasonable?&nbsp; Thanks for your help.<br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Oct 27, 2008 at 1:54 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><br>
<br>
xianghong qi wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hello,<br>
<br>
Could anyone give me some suggestions about how to write a toplogy file for methane with OPLS-AA force field?<br>
Thanks in advance.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
For a very simple molecule like methane, it should be very straightforward to do from reading Chapter 5.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div>
-Xianghong Qi<br>
<br>
-- <br>
Some people make the world more special just by being in it.<br>
<br>
<br></div>
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_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
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Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
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<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Some people make the world more special just by being in it.<br>