<P>
Hi all<BR>
I have simulated two systems(mutated and unmutated)of protein for 7ns and I plotted RMSD.<BR>
here my doubt is that when I see these structures(superimpose)in VMD mutated final simulated structure with respective initial one drastic changes(means helix-coil and Beta-alpha transitions) but there is no change in unmutated structure with corresponding initial one.<BR>
<BR>
But when I plot RMSD, mutated structure showing low fluctuations(0.19nm)while unmutated(RMSD 0.3nm)high fluctuations.<BR>
I have mentined RMSD command like this<BR>
g_rms -f 7ns.xtc -s min.tpr -o 7ns_rmsd -pbc <BR>
Selected c-alpha for both least square fit and RMSD calculation<BR>
 <BR>
What I mean to say that the structure which shows changes(coil-helix and beta-alpha)it is supposed to has RMSD high viceversa but I am getting in opposite.<BR>
<BR>
Why its happening?<BR>
<BR>
Any suggestions would be appreciated<BR>
<BR>
Thanks in advance.<BR>
 <BR>
&nbsp;  
</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-default.htm/1050715198@Middle5/2206641_2199021/2201651/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2206641_2199021/creative_2201651.gif'  alt='Rediff Shopping'  border=0></a></td></TR></Table>