<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Oct 27, 2008 at 10:21 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="Ih2E3d"><br>
<br>
Peyman Yamin wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
On Monday 27 October 2008 15:07, Justin A. Lemkul wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Peyman Yamin wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
On Monday 27 October 2008 14:03, Justin A. Lemkul wrote:<br>
<br>
Actually I&#39;m doing a funny mistake telling I should replace an O with an<br>
Na! (probably because of high adrenaline level in my blood for the<br>
deadline is near!) I should just put one Na beside the O I have! I simply<br>
have a PO4 where one O has no H and thus is negative. an Na+ should<br>
accompany this O.<br>
</blockquote>
Well that makes more sense. &nbsp;I&#39;m assuming you have a DPPG bilayer with<br>
solvent? Or are you simulating a single DPPG in vacuo? &nbsp;If it&#39;s a bilayer<br>
in solution, just use genion; you can even specify exactly how many Na+ you<br>
want using -np.<br>
<br>
If the topology organization is confusing you, refer to Chapter 5 of the<br>
manual. If you make a .top for DPPG, you can specify:<br>
<br>
[ molecules ]<br>
DPPG &nbsp; &nbsp;x<br>
NA+ &nbsp; &nbsp; 1 (or whatever)<br>
<br>
after including the appropriate force field call and ions.itp; the<br>
parameters for all atom types are taken from these files.<br>
</blockquote>
<br>
Well this looks great! I simulate one single DPPG in solvent. and you know, this Na+ is not in solvent but a part of DPPG. So you mean I just make a DPPG with an O which has no H so is minus and then use genion to add Na? will it place the Na aroung O hopefully? I think if I put no H arounf O the prodrg will force me to have it! so I should delete it and replace it with Na? or I should never use the word &quot;replace&quot; at all???<br>

<br>
</blockquote>
<br></div>
Well, the Na+ may be associated with DPPG electrostatically, but they are still distinct chemical entities. &nbsp;You can have a DPPG that has a net -1 charge; certainly all chemical species are not net neutral! &nbsp;Indeed, genion will place Na+ in whatever solvent you choose, but may not necessarily be bound to DPPG. Some simulation may show the association, however.<br>

</blockquote><div><br><br>Yes, keep the DPPG. The charge distribution around anionic lipid has been studied.<br><a href="http://scitation.aip.org/getabs/servlet/GetabsServlet?prog=normal&amp;id=PRLTAO000101000003038103000001&amp;idtype=cvips&amp;gifs=yes">http://scitation.aip.org/getabs/servlet/GetabsServlet?prog=normal&amp;id=PRLTAO000101000003038103000001&amp;idtype=cvips&amp;gifs=yes</a><br>
<br><br>&nbsp;<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
And no, don&#39;t replace any part of your DPPG. &nbsp;Because then you don&#39;t really have DPPG any more do you?<br><font color="#888888">
<br>
-Justin</font><div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Thanks again ;)<br>
Peyman<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Peyman Yamin wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear GMX users,<br>
<br>
I want to add sodium ions (Na+) to a phospholipid (DPPG) I have the<br>
structure with the Na replaced with O. I get a .top with this from<br>
prodrg and try to add the Na manually at the right place by removing<br>
the corresponding O. I use GROMOS 96.1 forcefield. GMX version <a href="http://3.3.1." target="_blank">3.3.1.</a> I<br>
have a problem:<br>
</blockquote>
Are you trying to replace the O in DPPG with Na+? &nbsp;Or are you simply<br>
trying to add ions to the surrounding solvent (water)? &nbsp;If you just need<br>
ions in the solvent, use genion; you don&#39;t have to do it manually.<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
* In .top file, as far as I can understand, I should just replace OA<br>
with NA+ and set the mass and charge.<br>
DPPG has a centre: &nbsp;[ O-P(O)=O ] -<br>
The Na+ should be around this with +1 charge.<br>
should I put charge +1 ?<br>
</blockquote>
Again, I&#39;m not clear on what you&#39;re trying to accomplish. &nbsp;If you<br>
replace one of these oxygen atoms, you will likely not have an integer<br>
charge within the DPPG molecule itself.<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
* which parameters should I place in the top as the Na+ is not bonding.<br>
I need LJ and Coulomb params. I have C6 and C12 them from<br>
ffG43a1nb.itp. (NA+ OA) but I&#39;m not sure where should I put it in the<br>
top file. What should I insert manually in top file at all?<br>
</blockquote>
Simply #include &quot;ffG43a1.itp&quot; at the top of your .top file; it will<br>
include nonbonded and bonded parameters for all the atoms in the system.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Thanks in advance for the time,<br>
I&#39;ve been away for some time from GMX and might sound<br>
<br>
Cheers,<br>
Peyman<br>
</blockquote></blockquote></blockquote></blockquote>
<br>
</blockquote>
<br>
-- <br></div></div><div class="Ih2E3d">
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br></div><div><div></div><div class="Wj3C7c">
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Best wishes,<br><br>Myunggi Yi<br>==================================<br>KLB 419<br>Institute of Molecular Biophysics<br>Florida State University<br>Tallahassee, FL 32306<br>
<br>Office: (850) 645-1334<br><a href="http://www.scs.fsu.edu/~myunggi">http://www.scs.fsu.edu/~myunggi</a><br><a href="mailto:myunggi@gmail.com">myunggi@gmail.com</a><br>