<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear gmx's user,<BR>May I asked you some technicl Questions?<BR>Do you know how to make&nbsp;distance restraint&nbsp;in gromacs?<BR>what I did I have created file&nbsp;name&nbsp;"disre.itp" as shown below<BR>[ distance_restraints ]<BR>;&nbsp;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type index type low up1 up2 fac<BR>&nbsp;&nbsp; 489&nbsp;&nbsp; 1133&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.25 0.35 0.40 1.0<BR>&nbsp;&nbsp; 489&nbsp;&nbsp; 1164&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.25 0.35 0.40 1.0<BR>&nbsp;&nbsp; 490&nbsp;&nbsp; 1127&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.25 0.35 0.40 1.0<BR>&nbsp;&nbsp; 490&nbsp;&nbsp; 1167&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.25 0.35 0.40 1.0<BR>&nbsp;<BR>in md.mdp
 file:<BR>&nbsp;<BR>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = M2_amand in POPC<BR>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<BR><FONT style="BACKGROUND-COLOR: #ffff00">define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DDISRES</FONT><BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps !<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 500000&nbsp;&nbsp; ; total 1000 ps = 1 ns !<BR>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;
 1<BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 250<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<BR>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<BR>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.2<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;
 1.2<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.2<BR>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; xyz<BR>; Berendsen temperature coupling is on in two groups<BR>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; POPC SOL&nbsp; Cl<BR>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp; 0.1&nbsp; 0.1<BR>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 310&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 310&nbsp; 310&nbsp; 310<BR>; Energy monitoring<BR>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; POPC&nbsp; SOL&nbsp;
 Cl<BR>; Isotropic pressure coupling is now on<BR>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<BR>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5<BR>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>; Generate velocites is off at 300 K.<BR>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<BR>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 310.0<BR><FONT style="BACKGROUND-COLOR: #ffff00">disres&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; simple</FONT><BR><BR><BR>in&nbsp;topology.top file&nbsp;I added...<BR><BR>; Include distance restraint
 file<BR>#ifdef DISRES<BR>#include "disre.itp"<BR>#endif<BR><BR>My questions are&nbsp;<BR>Q1:What&nbsp;is "column index" mean in disre.itp file? and how is it benefit?<BR>Q2:Where can I find in the output&nbsp;to make sure that my distances has already restrainted?<BR><BR>&nbsp;Thanks so much<BR>&nbsp;<BR>pathum<BR></td></tr></table><br>