Hi. Thanks for your enlightenment. Now, I&#39;m able to run pdb2gmx with the output files produced. I just added &#39;sudo&#39; before ./pdb2gmx and it allows me to write in the directory. But unfortunately, this step seem does not work for ./gmxtest.pl. I&#39;m having the same output even after i had added &#39;sudo&#39; in front of it.&nbsp;<div>
<br></div><div>Joyce<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 24, 2008 at 8:52 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div class="Ih2E3d">Kwee Hong wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi. <br>
I seem having some problem in running ./pdb2gmx. Here is the output file. Can you help me in giving me some idea to deal with this?<br>
<br>
bcsb09s-imac52:bin bcsb09$ pdb2gmx -f 1aml.pdb -p 1aml.top -o 1aml.gro<br>
</blockquote>
<br></div>
&lt;snip&gt;<div class="Ih2E3d"><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
-------------------------------------------------------<br>
Program pdb2gmx, VERSION 3.3.3<br>
Source code file: futil.c, line: 313<br>
<br>
File input/output error:<br>
1aml.top<br>
-------------------------------------------------------<br>
</blockquote>
<br></div>
This means it can&#39;t write 1aml.top, which likely means you don&#39;t have write permission to the directory in which pdb2gmx resides. This is a Good Thing. You should do daily work in a suitable subdirectory of (say) your home directory, and adjust your environment variables to give you ready access to GROMACS stuff by using &quot;source /path/to/GMXRC&quot; using the &nbsp;path in which you installed the GROMACS binaries. I guess this is your attempted working directory above.<div class="Ih2E3d">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
I seem to be having problem in running the test tun as well. Below is its output: <br>
bcsb09s-imac52:bin bcsb09$ ./gmxtest.pl<br>
Usage: ./gmxtest.pl [ -np N ] [-verbose ] [ -double ] [ simple | complex | kernel | pdb2gmx | all ]<br>
 &nbsp; or: ./gmxtest.pl clean | refclean | dist<br>
</blockquote>
<br></div>
Again this won&#39;t work in a directory in which you don&#39;t have write permissions. The above message tells you that an empty command line isn&#39;t acceptable to gmxtest.pl. *Technically* it ought to be acceptable per the usage line, since square brackets denote optional things and |-symbols denote a series of mutually-exclusive possibilities. I think the brackets should be missing around &quot;simple | complex | kernel | pdb2gmx | all&quot;.<br>

<br>
Mark<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br></div>