<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
FONT-SIZE: 10pt;
FONT-FAMILY:Tahoma
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'><div style="text-align: left;"><div style="text-align: left;">Hi,<br><br>The 4.0 pdf manual (unfortunately currently only available from the ftp site)<br>will tell you that in 4.0 you need to give V and F=-V' instead of V and V'' as in version 3.<br>It is good that I put in a check for the numerical derivative of V,<br>so the user is warned that the tables might be incorrect.<br><br>Berk<br></div></div><br><br><br><hr id="EC_stopSpelling">Date: Thu, 30 Oct 2008 14:35:31 +0000<br>From: lastexile7gr@yahoo.de<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] tables.xvg warning - error<br><br><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top">Hello,<br><br>In previous versions I do not get that error. My potential uses tables for non bonded intermolecular interactions. In gromacs-4.0 I get the following:<br><br>WARNING: For the 1131 non-zero entries for table 1 in table_CGAC_CGCNZ.xvg the forces deviate on average 222% from minus the <br>numerical derivative of the potential<br><br>and in the end:<br><br>NOTE: Turning on dynamic load balancing<br><br><br>Step 8:<br>The charge group starting at atom 930 moved than the distance allowed by the domain decomposition (0.932308) in direction X<br>distance out of cell -34873385.214308<br>Old coordinates:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.590&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.591&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.789<br>New coordinates: -34873382.919&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.319&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.806<br>Old cell boundaries in direction X:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.298&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.455<br>New cell
 boundaries in direction X:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.295&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.454<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program mdrun, VERSION 4.0<br>Source code file: domdec.c, line: 3440<br><br>Fatal error:<br>A charge group moved too far between two domain decomposition steps<br>This usually means that your system is not well equilibrated<br><br>Is this something I'm doing wrong or a bug?<br><br>Thank you,<br>Nikos<br></td></tr></tbody></table><br>



      <br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>