<br>Dear all<br>I am facing a problem in gromacs-4.0 during grompp.<br><br>1. After Genbox command , when I am giving Grompp command,the coordinates of top file and gro file are not matching.<br>
<br>2. I have tried following the same protocol in gromacs-3.3.3D. It went on fine without any error.<br><br>3. Both the top files (across different versions of gromacs) however have got the same content.The water box is being included in the top file as well after genbox.<br>
<br>The error messege is like this.<br><br>------------------------------<div id=":115" class="ArwC7c ckChnd"><br>
Program grompp_d, VERSION 4.0<br>Source code file: grompp.c, line: 352<br><br>Fatal error:<br>number of coordinates in coordinate file (file_b4em.gro, 46634)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; does not match topology (file.top, 9977)</div>
-------------------------<br>Does anybody throw some lights on it?<br><br>Regards<br>Supti Mukhopadhyay<br>PhD student<br>NIMHANS, Bangalore<br>India.<br><br>