Yes, you are right. I didn&#39;t apply pressure coupling and my simulation is under NVT. <br>I just want to get the density of water vs time . Thanks so much . <br><br>-Xianghong Qi<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Nov 5, 2008 at 4:32 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="Ih2E3d"><br>
<br>
Justin A. Lemkul wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
Justin A. Lemkul wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
xianghong qi wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Thanks, &nbsp;Justin:<br>
<br>
I use 4.0. Mine is here:<br>
-------------------------------------------------------------------<br>
 &nbsp;1 &nbsp;LJ-(SR) &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2 &nbsp;Disper.-corr. &nbsp; &nbsp;3 &nbsp;Coulomb-(SR) &nbsp; &nbsp; 4 &nbsp;Coul.-recip. &nbsp; 5 &nbsp;Potential &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;6 &nbsp;Kinetic-En. &nbsp; &nbsp; &nbsp;7 &nbsp;Total-Energy &nbsp; &nbsp; 8 &nbsp;Temperature &nbsp; &nbsp;9 &nbsp;Pressure-(bar) &nbsp;10 &nbsp;Vir-XX &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;11 &nbsp;Vir-XY &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;12 &nbsp;Vir-XZ &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;13 &nbsp;Vir-YX &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;14 &nbsp;Vir-YY &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;15 &nbsp;Vir-YZ &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;16 &nbsp;Vir-ZX &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;17 &nbsp;Vir-ZY &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;18 &nbsp;Vir-ZZ &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;19 &nbsp;Pres-XX-(bar) &nbsp; 20 &nbsp;Pres-XY-(bar)<br>

&nbsp;21 &nbsp;Pres-XZ-(bar) &nbsp; 22 &nbsp;Pres-YX-(bar) &nbsp; 23 &nbsp;Pres-YY-(bar) &nbsp; 24 &nbsp;Pres-YZ-(bar)<br>
&nbsp;25 &nbsp;Pres-ZX-(bar) &nbsp; 26 &nbsp;Pres-ZY-(bar) &nbsp; 27 &nbsp;Pres-ZZ-(bar) &nbsp; 28 &nbsp;#Surf*SurfTen<br>
&nbsp;29 &nbsp;Mu-X &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;30 &nbsp;Mu-Y &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;31 &nbsp;Mu-Z &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;32 &nbsp;T-System<br>
</blockquote></blockquote></blockquote>
<br></div>
...and I really should not hit &quot;send&quot; until I&#39;m done thinking. &nbsp;Are you applying pressure coupling in your simulation? &nbsp;Under NVT conditions, parameters like Volume and Density are not written, since volume is constant and density doesn&#39;t mean much without constant pressure.<div>
<div></div><div class="Wj3C7c"><br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
-Xianghong Qi<br>
<br>
On Wed, Nov 5, 2008 at 4:20 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;xianghong qi wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Hello, all:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I checked the mailing list. Looks like g_energy can calculate<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;density vs time, but<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;my g_energy doesn&#39;t have options like density, volume? &nbsp;I am<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;wondering how I can<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;get my density vs time graph? &nbsp;Any suggestion is appreciated.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Thanks.<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Look more closely. &nbsp;Both versions of Gromacs that I am currently<br>
 &nbsp; &nbsp;using (3.3.3 and 4.0) have options for Density, Volume, and Box<br>
 &nbsp; &nbsp;vectors as output from g_energy.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;-Justin<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-Xianghong Qi<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-- &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Some people make the world more special just by being in it.<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;_______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;before posting!<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;-- &nbsp; &nbsp; ========================================<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Justin A. Lemkul<br>
 &nbsp; &nbsp;Graduate Research Assistant<br>
 &nbsp; &nbsp;Department of Biochemistry<br>
 &nbsp; &nbsp;Virginia Tech<br>
 &nbsp; &nbsp;Blacksburg, VA<br>
 &nbsp; &nbsp;jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;========================================<br>
 &nbsp; &nbsp;_______________________________________________<br>
 &nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp;Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
 &nbsp; &nbsp;posting!<br>
 &nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
 &nbsp; &nbsp;interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
 &nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Some people make the world more special just by being in it.<br>
</blockquote>
<br>
</blockquote>
<br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Graduate Research Assistant<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Some people make the world more special just by being in it.<br>