<P>
&nbsp; <BR>
Hi,<BR>
&nbsp;  I am facing a peculiar problem and may sound stupid, but I need help.<BR>
<BR>
We have a 10.4.1. Mac Os X machine with 2 dual core processors.<BR>
I had downloaded gromacs 3.3.2 and installed it in this computer using &quot;installer&quot;. It added <BR>
the &quot;gromacs &quot; directory into &quot; &quot;/usr/loca/&quot; directory.<BR>
<BR>
I want to run gromacs in parallel, using all the 4 processors. I downloaded the lam 7.0.6 <BR>
package from gromacs&nbsp; homepage and installed it as per the instructions.<BR>
<BR>
The host file that I ceated was /private/etc/lamhost and it read<BR>
mac-pros-computer.local cpu=2<BR>
mac-pros-computer.local cpu=2<BR>
<BR>
The command&nbsp; lamboot -v /private/etc/lamhost gave the following message<BR>
n-1&lt;291&gt; ssi:boot:base:linear: booting n0 (mac-pros-computer.local)<BR>
n-1&lt;291&gt; ssi:boot:base:linear: finished<BR>
<BR>
But checking with the command &quot;mpirun C ls -al &quot; gives the message<BR>
<BR>
It seems that [at least] one of the processes that was started with<BR>
mpirun did not invoke MPI_INIT before quitting (it is possible that<BR>
more than one process did not invoke MPI_INIT -- mpirun was only<BR>
notified of the first one, which was on node n-1073743224).<BR>
<BR>
mpirun can *only* be used with MPI programs (i.e., programs that<BR>
invoke MPI_INIT and MPI_FINALIZE).&nbsp; You can use the &quot;lamexec&quot; program<BR>
to run non-MPI programs over the lambooted nodes.<BR>
<BR>
I need to recompile gromacs or at least &quot;mdrun&quot; for parallel run giving the command &quot;-<BR>
enable_mpi&quot;on make file, but I can't find the &quot; make&quot; file or the &quot;configure&quot; script anywhere.<BR>
The /usr/local/gromacs dir has <BR>
bin/&nbsp;  include/&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; lib/&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; share/<BR>
In the share/gromacs/template directory there is Makefile.i386-apple-darwin8.10.1.<BR>
<BR>
I don't know how to proceed. Any suggestion will be highly helpful.<BR>
<BR>
Thanking You,<BR>
Sarbani <BR>
<BR>
 <BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-default.htm/1050715198@Middle5/2206641_2199021/2201651/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2206641_2199021/creative_2201651.gif'  alt='Rediff Shopping'  border=0></a></td></TR></Table>