<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>I fixed the bug in pdb2gmx. This bug would cause a segv with vsite aromatics in larger proteins.<br>I also fixed the issue in mdrun with vsite aromatics.<br><br>So now vsite aromatics will be fully functional in 4.0.1.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">From: gmx3@hotmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: RE: [gmx-users] Problem with setting vsite=aromatics on OPLSAA<br>Date: Tue, 4 Nov 2008 15:18:06 +0100<br><br>



<style>
.ExternalClass .EC_hmmessage P
{padding:0px;}
.ExternalClass body.EC_hmmessage
{font-size:10pt;font-family:Tahoma;}
</style>

<div style="text-align: left;">Hi,<br><br>There is indeed a bug in pdb2gmx.<br>I did not write this code, so I don't know exactly what is wrong.<br></div><br>But today somebody also mailed about a problem in the 4.0 mdrun <br>with vsite aromatics.<br><br>My opinion is that it is not worth to try to keep supporting this feature,<br>because the time step is not much larger than the 4 or 5 fs you<br>can reach with only -vsite h and the heavy hydrogens will also slightly<br>slow down your dynamics.<br><br>Berk<br><br><hr id="EC_stopSpelling">&gt; From: genesup@gmail.com<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Date: Tue, 4 Nov 2008 16:36:19 +0300<br>&gt; Subject: [gmx-users] Problem with setting vsite=aromatics on OPLSAA<br>&gt; <br>&gt; Hello,<br>&gt; when I run the following command:<br>&gt; <br>&gt; pdb2gmx -f 1klc.192722.pdb -o 1klc.192722 -p 1klc.192722 -vsite<br>&gt; aromatics<br>&gt; <br>&gt; the progran starts generating topology but in the end I get<br>&gt; "Segmentation fault". No notes, no warnings though.<br>&gt; <br>&gt; Is it possible to use dummy aromatics with OPLSAA?<br>&gt; <br>&gt; Thanks<br>&gt; SDA<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br><hr>Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href="http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/">MSN Messenger</a><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>