Dear gmx-users,<br><br>i made earlier asked this question .but there is a problem.<br>&nbsp;first i got the error:<br>-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 4.0<br>Source code file: futil.c, line: 527<br>
<br>Fatal error:<br>Library file posre.itp not found in current dir nor in default directories.<br>(You can set the directories to search with the GMXLIB path variable)<br><br>Then on your advice, i put posre.itp in my directory, but i again got an error.<br>
<br>-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 4.0<br>Source code file: toppush.c, line: 1196<br><br>Fatal error:<br>[ file posre.itp, line 9 ]:<br>Atom index (5) in position_restraints out of bounds (1-3).<br>
This probably means that you have inserted topology section &quot;position_restraints&quot;<br>in a part belonging to a different molecule than you intended to.<br>In that case move the &quot;position_restraints&quot; section to the right molecule.<br>
-------------------------------------------------------<br>This is the porse file which i have included.<br>; In this topology include file, you will find position restraint<br>; entries for all the heavy atoms in your original pdb file.<br>
; This means that all the protons which were added by pdb2gmx are<br>; not restrained.<br><br>[ position_restraints ]<br>; atom&nbsp; type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fz<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000 <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 33&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 48&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 52&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 56&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 58&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 60&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 64&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 65&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 67&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 69&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 71&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 73&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 75&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 77&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 78&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 79&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 81&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 82&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 83&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 84&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 85&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 87&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 88&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 89&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 90&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 92&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 93&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 94&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 95&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 97&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 98&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 99&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 101&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 102&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 103&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 104&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>
&nbsp;&nbsp; 106&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 107&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 108&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 109&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 110&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 111&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 112&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>
&nbsp;&nbsp; 114&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 116&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 117&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 119&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 120&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 121&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>
&nbsp;&nbsp; 123&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 124&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 125&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 127&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 128&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 129&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 130&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>
&nbsp;&nbsp; 131&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 134&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 135&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 136&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 138&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 139&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>
<br><br>then i again make a posre.itp file , which i like this<br>; In this topology include file, you will find position restraint<br>; entries for all the heavy atoms in your original pdb file.<br><br>[ position_restraints ]<br>
; atom&nbsp; type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fz<br><br>AFTER THAT I GOT NO ERROR.<br>TELL ME WHETHER I AM CORRECT AT THIS POINT.<br><br><br><br>