<div>hello everyone,</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>for doing peptide with usual amino acid simulation.</div>
<div>i m bringing my *.pdb file from insightII as i dont&nbsp; know any other tool or software from where i can get any pdb file (model peptide-Eg. Ac-Ala-Ala-Ala-Ala-NHMe).But when i put my pdb file in gromacs by using pdb2gmx. it give error that no C is present at 6 NH2 position.</div>

<div>&nbsp;</div>
<div>tell me what to do.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>either tell me the name of free software or tool from where i can get the pdb of model peptide.</div>
<div>tell me one more thing that whether gromacs only take those pdb&#39;s which are converted by babel????</div>
<div>&nbsp;</div>
<div>Please help me out&nbsp;</div>