<div><font face="arial,helvetica,sans-serif">I was wondering if anyone could comment on these benchmark results for the d.dppc benchmark?</font></div>
<div><font face="arial,helvetica,sans-serif"></font>&nbsp;</div>
<div>
<table style="WIDTH: 179pt; BORDER-COLLAPSE: collapse" border="0" cellspacing="0" cellpadding="0" width="238">
<colgroup>
<col style="WIDTH: 35pt; mso-width-source: userset; mso-width-alt: 1718" width="47">
<col style="WIDTH: 77pt; mso-width-source: userset; mso-width-alt: 3730" width="102">
<col style="WIDTH: 67pt; mso-width-source: userset; mso-width-alt: 3254" width="89">
<tbody>
<tr style="HEIGHT: 15pt" height="20">
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; WIDTH: 35pt; HEIGHT: 15pt; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65" height="20" width="47"><font face="Calibri">Nodes</font></td>

<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; WIDTH: 77pt; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65" width="102"><font face="Calibri">Cutoff (ns/day)</font></td>
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; WIDTH: 67pt; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65" width="89"><font face="Calibri">PME (ns/day)</font></td></tr>
<tr style="HEIGHT: 15pt" height="20">
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; HEIGHT: 15pt; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65" height="20"><font face="Calibri">4</font></td>
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65"><font face="Calibri">1.331</font></td>
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65"><font face="Calibri">0.797</font></td></tr>
<tr style="HEIGHT: 15pt" height="20">
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; HEIGHT: 15pt; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65" height="20"><font face="Calibri">8</font></td>
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65"><font face="Calibri">2.564</font></td>
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65"><font face="Calibri">1.497</font></td></tr>
<tr style="HEIGHT: 15pt" height="20">
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; HEIGHT: 15pt; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65" height="20"><font face="Calibri">16</font></td>
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65"><font face="Calibri">4.5</font></td>
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65"><font face="Calibri">1.92</font></td></tr>
<tr style="HEIGHT: 15pt" height="20">
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; HEIGHT: 15pt; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65" height="20"><font face="Calibri">32</font></td>
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65"><font face="Calibri">8.308</font></td>
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65"><font face="Calibri">0.575</font></td></tr>
<tr style="HEIGHT: 15pt" height="20">
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; HEIGHT: 15pt; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65" height="20"><font face="Calibri">64</font></td>
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65"><font face="Calibri">13.5</font></td>
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65"><font face="Calibri">0.275</font></td></tr>
<tr style="HEIGHT: 15pt" height="20">
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; HEIGHT: 15pt; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65" height="20"><font face="Calibri">128</font></td>
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65"><font face="Calibri">20.093</font></td>
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65"><font face="Calibri">-</font></td></tr>
<tr style="HEIGHT: 15pt" height="20">
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; HEIGHT: 15pt; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65" height="20"><font face="Calibri">192</font></td>
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65"><font face="Calibri">21.6</font></td>
<td style="BORDER-BOTTOM: #d4d0c8; BORDER-LEFT: #d4d0c8; BACKGROUND-COLOR: transparent; BORDER-TOP: #d4d0c8; BORDER-RIGHT: #d4d0c8" class="xl65"><font face="Calibri">-</font></td></tr></tbody></colgroup></table></div>
<div>&nbsp;</div>
<div><font face="arial,helvetica,sans-serif">It seems to scale relatively well up to 32-64 nodes without PME. This seems slightly better than the benchmark results for Gromacs 3 on <a href="http://www.gromacs.org/">www.gromacs.org</a>.&nbsp;</font></div>

<div><font face="arial,helvetica,sans-serif"></font>&nbsp;</div>
<div><font face="arial,helvetica,sans-serif">Can someone comment on the magnitude of the performance hit and lack of scaling with PME is worrying me. </font></div>
<div><font face="arial,helvetica,sans-serif"></font>&nbsp;</div>
<div><font face="arial,helvetica,sans-serif">For the PME runs, I set rlist,rvdw,rouloumb=1.2 and the rest set to the defaults. I can try it with some other settings, larger spacing for the grid, but I&#39;m not sure how much more that would help. Is there a more standardized system I should use for testing PME scaling?</font></div>

<div><font face="arial,helvetica,sans-serif"></font>&nbsp;</div>
<div><font face="arial,helvetica,sans-serif">This is with GNU compilers and parallelization with OpenMPI 1.2. I&#39;m not sure what we&#39;re using for the FFTW&nbsp;The compute nodes are Dell m600 blades w/ 16GB of RAM and dual quad core Intel Xeon 3GHz processors. I believe it&#39;s all ethernet interconnects.</font></div>

<div><font face="arial,helvetica,sans-serif"></font>&nbsp;</div>
<div><font face="arial,helvetica,sans-serif">Thanks,</font></div>
<div><font face="arial,helvetica,sans-serif">YQ</font></div>