Hi There,<br>I am running MDS over the docked poses to check the stability of the docked poses using gromacs.<br>I have few doubts about selecting parameters for the same, If anybody have tried such thing earlier, please suggest me for the same.<br>
<br>Should I keep pressure coupling over the simulation ?<br>For how long should I run the simulation for such purpose ?<br><br>Waiting for suggestions.<br><br>With Thanks,<br>Vivek <br>