<P>
&nbsp; Hi everyone,<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I had asked this question before but I will try to explain myself more clearly.<BR>
<BR>
I wan t to add -NH2 cap at the Cterminal end of my protein. I had included &quot;charmm&quot; force <BR>
field into my gromacs 3.3.1.<BR>
I had added the following into my ffcharmm-c.tdb file<BR>
[NH2]<BR>
[replace]<BR>
O&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  OB&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  15.994&nbsp;  -0.550<BR>
CA&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; CT1&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.0110&nbsp;  0.070<BR>
C&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  CD&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  12.0110&nbsp;  0.720<BR>
[add]<BR>
1&nbsp; &nbsp;  4&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; NH2&nbsp;  C&nbsp;  CA&nbsp; C<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; NH2&nbsp; &nbsp; &nbsp; 14.0027 -0.7800<BR>
2&nbsp; &nbsp;  3&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HT&nbsp; &nbsp;  N CA&nbsp; C<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; HT&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.0080 0.3100<BR>
However, the coordinates of the added N is given by &quot;pdb2gmx&quot; as &quot; nan nan nan&quot;.<BR>
If anyone can give any suggestion to fix this poblem, I will be highly obliged.<BR>
<BR>
Thanks in advance,<BR>
Sarbani<BR>

</P>
<br><br>