<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear All,<br>I configured gromacs 3.3.3 for parallel runs, using the precompiled packeges on ubuntu server 8.04, with LAM program 7.1.2 ( alreay present in server verison). I tried with d.villin benchmark but I detected an decrease of performance increasing the node's number.<br>The obtained results for 1 node are:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (Mnbf/s)&nbsp;&nbsp; (GFlops)&nbsp;&nbsp; (ns/day)&nbsp; (hour/ns)<br>Performance:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.686&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.437&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.471&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.833<br>The obtained results for 7 nodes are:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (Mnbf/s)&nbsp;&nbsp;
 (GFlops)&nbsp;&nbsp; (ns/day)&nbsp; (hour/ns)<br>Performance:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.169&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.112&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.545&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.667<br><br>I have a cluster of 7 nodes (pentium 4 3.2 Ghz with RAM 2Gb) connected on 10/100 Mbps dual speed up hub. <br>I don't know if it is a configuration problem (because with precompiled packages I couldn't use the configuration parameters described on web) or an hardware problem due to hub. <br>Please can you help me? <br>Is possible to improve performance changing some other parameters or configuration settings?<br>



        
        <meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8">
        <title></title>
        <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 2.4  (Linux)">
        <style>
                <!-- 
                BODY,DIV,TABLE,THEAD,TBODY,TFOOT,TR,TH,TD,P { font-family:"Nimbus Sans L"; font-size:x-small }
                 --></style><br>Thank you in advance<br><br>Best regards<br><br>Mario<br>



        
        <meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8">
        <title></title>
        <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 2.4  (Linux)">
        <style>
                <!-- 
                BODY,DIV,TABLE,THEAD,TBODY,TFOOT,TR,TH,TD,P { font-family:"Nimbus Sans L"; font-size:x-small }
                 -->
        </style>
        

<table rules="none" border="0" cellspacing="0" cols="3" frame="void">
        <colgroup><col width="86"><col width="86"><col width="86"></colgroup>
        <tbody>
                <tr>
                        <td width="86" align="left" height="19"><br></td>
                        <td width="86" align="left"><br></td>
                        <td width="86" align="left"><br></td>
                </tr>
        </tbody>
</table>
<br>



        
        <meta http-equiv="CONTENT-TYPE" content="text/html; charset=utf-8">
        <title></title>
        <meta name="GENERATOR" content="OpenOffice.org 2.4  (Linux)">
        <style>
                <!-- 
                BODY,DIV,TABLE,THEAD,TBODY,TFOOT,TR,TH,TD,P { font-family:"Nimbus Sans L"; font-size:x-small }
                 --></style><br></td></tr></table><br>



      <hr size=1><font face="Arial" size="2">Scopri la community di Io fotografo e video<br>
<a href=http://us.rd.yahoo.com/SIG=11ud6kror/**http%3A%2F%2Fwww.flickr.com%2Fgroups%2Fiofotografoevideo%2F>Il nuovo corso</a> di Gazzetta dello sport per diventare veri fotografi!</font>