hello everyone,<br><br>i m having a peptide of 3 residue named Boc-BetaAla-Aib-OMe made from prodrg server<br>when i give the grompp command for vacuum i.e.<br>grompp -f boc1_vac_st.mdp -c boc1.gro -p boc1.top -o boc1_vac_st.tpr<br>
i got an error:<br>ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box vector or longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or decrease rlist.<br>i have set my rlist=0.8 and rvdw=0.7.<br>
In my gro file i m having X, Y, Z coordinates which - 1.41000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.41000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.41000<br>so i increase my X, Y, Z coordinates to - 1.65000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.65000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.65000<br>then i get no error.<br><br>tell me whether i m correct at this point.<br>
or Shd i decrease my rlist and rvdw<br><br>with regards<br>Bhawana<br><br><br><br>