<P>Hi</P>
<P>I am a new Gromacs user.I am trying to study the adsorption of proteins on graphite surface.In mdp file I took the option pbc=full. When I am running a simulation for 5 ns, I am getting the output with out any warning. But when I am analysing the results using h_bond , g_gyrate and do_dssp, I am getting the following warning.</P>
<P>There were 900 inconsistent shifts. Check your topology.</P>
<P>&nbsp;I think that my topology-file for infinite graphite surface is correct and I<BR>would like to know what does this "warning" really mean and can I trust the<BR>results&nbsp; anyway?<BR>&nbsp; </P>
<P>Regards</P>
<P>Ramesh</P><BR>