<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>I don't understand your mail.<br>Do you really get a segmentation fault, but also frames in your trajectory file?<br><br>I think I fixed the freezing of the whole system bug.<br>I tested it for a water system and it runs fine.<br><br>Maybe you have constraints in your system.<br>Asking your system to be completely frozen and to obey the constraints<br>is usually contradictory. Therefore you system might still move slightly<br>to try to obey the constraints.<br><br>Anyhow it seems pretty useless to me to simulate a completely frozen system.<br><br>Berk<br><br>&gt; From: ilona.baldus@bioquant.uni-heidelberg.de<br>&gt; Date: Mon, 10 Nov 2008 15:13:06 +0100<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] freeze group gives Segmentation fault<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; I just tried Gromacs 4.0.2. It still gives a Segmentation fault:<br>&gt; <br>&gt; "Reading file topol.tpr, VERSION 4.0.2 (single precision)<br>&gt; Loaded with Money<br>&gt; <br>&gt; Segmentation fault"<br>&gt; <br>&gt; I did a test, putting the whole system into one freezegroup. Then the  <br>&gt; simulation starts running. But some of the atoms belonging to the  <br>&gt; "freeze-group" still move: The RMSD keeps growing and the Potential  <br>&gt; Energy = -132 kJ/mol. Reading in the trajectory with vmd shows the  <br>&gt; molecules moving. There is no pattern in the motion though. I checked  <br>&gt; the index.ndx twice - there is no mistake in there.<br>&gt; <br>&gt; Ilona<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; &gt; There was a bug in the freeze group code that got fixed today. I  <br>&gt; &gt; don't know anything else about it. Please update your source code  <br>&gt; &gt; and try again.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Mark<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; &gt; ilona.baldus@bioquant.uni-heidelberg.de wrote:<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; Using freezegroups I get a Segmentation fault. The simulation does  <br>&gt; &gt;&gt; not start, so the output is empty.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; "Reading file topol.tpr, VERSION 4.0_rc4 (single precision)<br>&gt; &gt;&gt; Segmentation fault"<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>