<div dir="ltr">Dear,<br>I am simulating a small protein (less then 50 amino acids) at room temperature, with no additional atoms and/or molecules and/or ions. The simulations seems to proceed ok (in terms of avg. kinetic energy and other energy terms).<br>
Then, I take the same protein, and introduce a &quot;surface&quot; to the system.<br>My surface is just a set of identical hard sphere atoms, here is how a surface atom is defined inside my .TOP file:<br><div style="margin-left: 40px;">
&nbsp;[ atomtypes ]<br>&nbsp; ;name&nbsp; mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; ptype c6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c12<br>&nbsp;X &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000 X &nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.600E-09<br></div>And there are 10 times more surface atoms then protein atoms.<br><div><br>In my .MDP file, there are two energy groups: protein &amp; non-protein. The surface is frozen in all xyz directions.<br>
Now, the problem is that with the surface, my protein quickly explodes, and I have no idea why. The surface and protein each coupled to its own thermostat.<br><br>Your help and ideas/comments are appreciated. Omer.<br clear="all">
<div> &nbsp;<br>Koby Levy research group,<br>Weizmann Institute of Science. <br><a href="http://www.weizmann.ac.il/sb/faculty_pages/Levy/">http://www.weizmann.ac.il/sb/faculty_pages/Levy/</a><br>
</div></div></div>