<P>
&nbsp; <BR>
Hi users, <BR>
Intially I have run the simulation of the bilayer for 5ns then extended this to 20ns. When analyse density of the bilayer by considering trajectories of these different timings one at 5ns.xtc anonther at 20ns.xtc its showing almost same density values how come it is possible? <BR>
the command line is&nbsp; <BR>
g_density -f 5ns.xtc/20ns.xtc -s em.tpr -d z -o 5ns_den.xvg/20ns_den.xvg<BR>
<BR>
density output values at 5(coulm 1 and 2) and 20ns(column 3 and 4)&nbsp; <BR>
5ns_den.xvg&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  20ns_den.xvg<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  916.865&nbsp; &nbsp; 0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  869.8<BR>
&nbsp; &nbsp; 0.113182&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 886.892&nbsp; &nbsp; 0.114679&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 840.058<BR>
&nbsp; &nbsp; 0.226364&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 840.479&nbsp; &nbsp; 0.229359&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 793.811<BR>
&nbsp; &nbsp; 0.339547&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 782.509&nbsp; &nbsp; 0.344038&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 736.194<BR>
&nbsp; &nbsp; 0.452729&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 718.799&nbsp; &nbsp; 0.458717&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 667.985<BR>
&nbsp; &nbsp; 0.565911&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 652.112&nbsp; &nbsp; 0.573397&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 589.507<BR>
&nbsp; &nbsp; 0.679093&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 576.481&nbsp; &nbsp; 0.688076&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 509.389<BR>
&nbsp; &nbsp; 0.792275&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 501.502&nbsp; &nbsp; 0.802755&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 437.914<BR>
&nbsp; &nbsp; 0.905457&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 423.993&nbsp; &nbsp; 0.917435&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 374.713<BR>
&nbsp; &nbsp;  1.01864&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 346.635&nbsp; &nbsp; 1.03211&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 314.386<BR>
&nbsp; &nbsp;  1.13182&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  266.88&nbsp; &nbsp; 1.14679&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 247.738<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.245&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  195.44&nbsp; &nbsp; 1.26147&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 173.424<BR>
&nbsp; &nbsp;  1.35819&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 123.363&nbsp; &nbsp; 1.37615&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 107.955<BR>
&nbsp; &nbsp;  1.47137&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 68.3216&nbsp; &nbsp; 1.49083&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 51.0066<BR>
&nbsp; &nbsp;  1.58455&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 34.0154&nbsp; &nbsp; 1.60551&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 21.3937<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  -- <BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  --<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp;  --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  --<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  <BR>
any comments would be appreciated<BR>
<BR>
Thanks in advance&nbsp; &nbsp; <BR>
&nbsp; &nbsp; <BR>
&nbsp; &nbsp; <BR>
&nbsp; &nbsp; <BR>
&nbsp; &nbsp; <BR>
&nbsp; &nbsp; <BR>
&nbsp; &nbsp; <BR>
&nbsp; &nbsp;  <BR>
&nbsp; &nbsp;  <BR>
&nbsp; &nbsp;  <BR>
&nbsp; &nbsp;  <BR>
&nbsp; &nbsp;  <BR>
&nbsp; &nbsp;  <BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-default.htm/1050715198@Middle5/2206641_2199021/2201651/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2206641_2199021/creative_2201651.gif'  alt='Rediff Shopping'  border=0></a></td></TR></Table>