<P>
&nbsp; <BR>
Thanks for your reply,<BR>
In case of water density, starting of the water density will be for some time should come straight line in the graph later gradually reducing and goes to zero towards centre of the bilayer again it increases and stop going the water density. <BR>
<BR>
but in my case starting water density itself reducing gradually instead of coming straight line for while.<BR>
is my opinion wrong?<BR>
<BR>
how actally I should get the water density plot of the bilayer?<BR>
any suggestions would be appreciated<BR>
<BR>
thanks in advance<BR>
 <BR>
On Wed, 12 Nov 2008 Xavier Periole wrote :<BR>
&gt;On 12 Nov 2008 11:13:51 -0000<BR>
&gt;&nbsp; &quot;minnale &quot; &lt;minnale_gnos@rediffmail.com&gt; wrote:<BR>
&gt;&gt;&nbsp; Hi users, Intially I have run the simulation of the bilayer for 5ns then extended this to 20ns. When analyse density of the bilayer by considering trajectories of these different timings one at 5ns.xtc anonther at 20ns.xtc its showing almost same density values how come it is possible?<BR>
&gt;I do not see the same values! They seem to fluctuate!<BR>
&gt;What would be so wrong in having similar values? Looks good to me!<BR>
&gt;&gt;the command line is&nbsp; g_density -f 5ns.xtc/20ns.xtc -s em.tpr -d z -o 5ns_den.xvg/20ns_den.xvg<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;density output values at 5(coulm 1 and 2) and 20ns(column 3 and 4)&nbsp; 5ns_den.xvg&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  20ns_den.xvg<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  916.865&nbsp; &nbsp; 0&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  869.8<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; 0.113182&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 886.892&nbsp; &nbsp; 0.114679&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 840.058<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; 0.226364&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 840.479&nbsp; &nbsp; 0.229359&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 793.811<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; 0.339547&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 782.509&nbsp; &nbsp; 0.344038&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 736.194<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; 0.452729&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 718.799&nbsp; &nbsp; 0.458717&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 667.985<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; 0.565911&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 652.112&nbsp; &nbsp; 0.573397&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 589.507<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; 0.679093&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 576.481&nbsp; &nbsp; 0.688076&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 509.389<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; 0.792275&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 501.502&nbsp; &nbsp; 0.802755&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 437.914<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; 0.905457&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 423.993&nbsp; &nbsp; 0.917435&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 374.713<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp;  1.01864&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 346.635&nbsp; &nbsp; 1.03211&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 314.386<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp;  1.13182&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  266.88&nbsp; &nbsp; 1.14679&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 247.738<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  1.245&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  195.44&nbsp; &nbsp; 1.26147&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 173.424<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp;  1.35819&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 123.363&nbsp; &nbsp; 1.37615&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 107.955<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp;  1.47137&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 68.3216&nbsp; &nbsp; 1.49083&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 51.0066<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp;  1.58455&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 34.0154&nbsp; &nbsp; 1.60551&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 21.3937<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  --&nbsp; &nbsp; &nbsp;  --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  --<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp;  --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; --&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  --<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  any comments would be appreciated<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;Thanks in advance&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
&gt;<BR>
&gt;-----------------------------------------------------<BR>
&gt;XAvier Periole - PhD<BR>
&gt;<BR>
&gt;- Molecular Dynamics Group -<BR>
&gt;Computation and NMR<BR>
&gt;University of Groningen<BR>
&gt;The Netherlands<BR>
&gt;-----------------------------------------------------<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-default.htm/1050715198@Middle5/2206641_2199021/2201651/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2206641_2199021/creative_2201651.gif'  alt='Rediff Shopping'  border=0></a></td></TR></Table>