<P>
&nbsp; Thank you Mark,<BR>
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  You are absolutely right. I made a mistake while giving the command. It is <BR>
running fine after giving the command&nbsp; &quot;mpirun -np 4 mdrun_mpi ....&quot;<BR>
 THANK YOU VERY MUCH!!!<BR>
Sarbani<BR>
<BR>
<BR>
On Thu, 13 Nov 2008 Mark Abraham wrote :<BR>
&gt;sarbani chattopadhyay wrote:<BR>
&gt;&gt;&nbsp; Hi everybody,<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  I am facing problem while running parallel runs. Ours is a single Mac Os X<BR>
&gt;&gt;machine with 2 dual core processors.<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;Thus the hostfile taht I made was<BR>
&gt;&gt;mac-pros-computer.local cpu=2<BR>
&gt;&gt;mac-pros-computer.local cpu=2<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;When I use the command &quot;lamboot&quot; I get the message<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;LAM 7.0.6/MPI 2 C++/ROMIO - Indiana University<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;n-1&lt;21286&gt; ssi:boot:base:linear: booting n0 (mac-pros-computer.local)<BR>
&gt;&gt;n-1&lt;21286&gt; ssi:boot:base:linear: finished<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;Then when i try to run mdrun_mpi on 4 processors with the command<BR>
&gt;&gt;nohup mdrun_mpi -v -s 4cpu_3rdvel.tpr -np 4 -N 4 -deffnm 4cpu_3rdvel &amp;<BR>
&gt;&gt;I get the error message:<BR>
&gt;&gt;&quot;run input file 4cpu_3rdvel.tpr was made for 4 nodes,<BR>
&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  while mdrun_mpi expected it to be for 1 nodes&quot;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;<BR>
&gt;&gt;That means my hostfile could not specify that there are 4 processors. Then how to write <BR>
the<BR>
&gt;&gt;hostfile correctly so as to fix this problem?<BR>
&gt;<BR>
&gt;There need be nothing wrong with your hostfile. The hostfile describes the layout and <BR>
range of MPI possibilities. When you run an MPI program, the default is to use only one MPI <BR>
process. If you want more, use mpirun properly, e.g. mpirun -np 4 mdrun_mpi. These days <BR>
one doesn't need to give -np 4 to mdrun_mpi, but the converse is not true.<BR>
&gt;<BR>
&gt;Mark<BR>
&gt;_______________________________________________<BR>
&gt;gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>
&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>
&gt;Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>
&gt;Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <BR>
gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
&gt;Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>

</P>
<br><br>
<Table border=0 Width=644 Height=57 cellspacing=0 cellpadding=0 style='font-family:Verdana;font-size:11px;line-height:15px;'><TR><td><a href='http://adworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/click.cgi/www.rediff.com/signature-default.htm/1050715198@Middle5/2206641_2199021/2201651/1?PARTNER=3&OAS_QUERY=null' target=new ><img src ='http://imadworks.rediff.com/cgi-bin/AdWorks/adimage.cgi/2206641_2199021/creative_2201651.gif'  alt='Rediff Shopping'  border=0></a></td></TR></Table>