Hello all, <br><br>I'm very new to Gromacs and am trying to do a simple energy minimization (potentially doing the full mds later).&nbsp; However, at the first step (pdb2gmx) I get a fatal error as there is apparently no AMP in the database.&nbsp; The molecule contains both AMP and Fructose-6-phosphate.&nbsp; I have gone to the Dundee PRODGR server and generated a Gromacs topology file for AMP but I'm not entirely sure how to use it.&nbsp; Does it go in the forcefield .rtp file?&nbsp; The format of what I generated is a bit different than that.&nbsp; Is there a way to use it as a separate entity?&nbsp; Any help or direction would be greatly appreciated ;-)<br><br>Thank you<br>Mona Rahman<br><br>--------------------------------------------------- <br>Mona N. Rahman, Ph.D.<br>Dept. of Biochemistry/Pharmacology &amp; Toxicology<br>Botterell Hall, Rooms 623 and 634 (lab)<br>Queen's University, Kingston, ON, K7L 3N6<br>Phone:&nbsp; 613-533-2993, 613-533-6293 (lab)<br>E-mail:&nbsp; rahmanm@queensu.ca<br><br>