Hello Mark, thanks for your attention. <br> I had already made some
attempts setting the two molecules <br>in the same block (as suggested in
the forum) but I had no success. <br>I tried to
use restraints and constraints and&nbsp; but run always fails. <br><br>Please I am sending my .mdp and .top files as well as the error <br>message that I getting. Note, there is no bonded parameters molecules<br>between two molecules.<br>
&nbsp;<br> Can you help me to solve this problem?<br><br><br>&gt;&gt;&gt;&gt;&gt; .mdp file<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<br>tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.0<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.01<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10000<br>
nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<br>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000 # with 1000 we get 10000/1000 == 10 (+ original, t=0) frames<br>
xtc_precision&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cut-off<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<br>
Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Berendsen<br>tc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; system<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 90<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.2<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; No<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1e-4<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>
gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 90<br>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 173529<br>free-energy = yes<br>init-lambda = 0.96<br>delta-lambda = -.000064 # in order to get down to .32 nm with 10000 steps<br><br>&gt;&gt;&gt;&gt;<br>
#include &quot;ffoplsaa.itp&quot;<br><br>[ moleculetype ]<br>; Name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>BEN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br><br>[ atoms ]<br>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp; typeB&nbsp;&nbsp;&nbsp; chargeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; massB<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; opls_075&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; BEN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; opls_075&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; BEN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; opls_075&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; BEN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; opls_075&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; BEN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp; opls_075&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; BEN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp; opls_075&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; BEN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp; opls_075&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; BEN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp; opls_075&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; BEN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp; opls_075&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; BEN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp; opls_075&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; BEN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp; opls_075&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; BEN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp; opls_075&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; BEN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>
<br>[ bonds ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05<br>&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05<br>
&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05&nbsp; 1.400000e-01&nbsp; 4.000000e+05<br><br>[ pairs ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br><br>[ angles ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02<br>
&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02&nbsp; 1.200000e+02&nbsp; 4.000000e+02<br><br>[ dihedrals ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c5<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00<br>
&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00<br>&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00&nbsp; 1.800000e+02&nbsp; 5.000000e+00&nbsp; 3.000000e+00<br>
<br>[ position_restraints ]<br>; atom&nbsp; type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fz<br>&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br>&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 1000&nbsp; 1000&nbsp; 1000<br><br>;[ constraints ]<br>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp; ft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp; B<br>;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0&nbsp; 1.0<br>
<br>[ system ]<br>; Name<br>BEN<br><br>[ molecules ]<br>; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<br>BEN&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br><br><br>&gt;&gt;&gt; Error mensage<br><br><br>Back Off! I just backed up dgdl.xvg to ./#dgdl.xvg.2#<br>starting mdrun &#39;BEN&#39;<br>
10000 steps,&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100.0 ps.<br><br><br>Back Off! I just backed up traj.trr to ./#traj.trr.3#<br><br>Back Off! I just backed up traj.xtc to ./#traj.xtc.2#<br>Warning: 1-4 interaction between 1 and 4 at distance 419.707 which is larger than the 1-4 table size 1.000 nm<br>
These are ignored for the rest of the simulation<br>This usually means your system is exploding,<br>if not, you should increase table-extension in your mdp file<br clear="all">_______________________________________<br>Eudes Eterno Fileti<br>

Centro de Ciências Naturais e Humanas<br>Universidade Federal do ABC<br>Rua Santa Adélia, 166 - Bloco B, Sala 1048<br>09210-170 &nbsp;Santo André - SP Brasil<br>+55.11.4437-8408<br>skype: eefileti<br><a href="http://cromo.ufabc.edu.br/%7Efileti/" target="_blank">http://cromo.ufabc.edu.br/~fileti/</a><br>